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第二代测序技术原理精讲 2022-11-25
(一)    文库(library)构建 1.        末端修复(3‘末端添加碱基A) 建库第一步是使用Taq聚合酶补齐 ...
(539)次阅读|(1)个评论
QIIME 2教程之双端序列合并 2022-11-24
Dada2方法要求的输入测序数据必须是已经拆分样本(类似qiime1裂库)的测序数据,这个测序数据也必须是带质量信息的。对于双端测序数据,不要提前拼接,有些人 ...
(359)次阅读|(0)个评论
QIIME 2教程之Barcode拆分和去除引物 2022-11-20
在数据量比较小的情况下,dada2 ( deblur ) 分析 的输入数据最好提前将 barcodes 和引物这些不想要的 adapters 切除,虽然 dada2 ( deblur )也能粗略 ...
(507)次阅读|(0)个评论
Git简明使用教程 2022-11-13
(一)安装 conda install git (二)配置 git config --global user.name " 你的用户名 " git config --global user.email ...
(543)次阅读|(1)个评论
sam/bam格式解读之Edit Distance编辑距离(NM tag) 2022-11-08
sam 文档中对NM tag (编辑距离: 从字符串a变到字符串b,所需要的最少的操作步骤(插入,删除,更改)为两个字符串之间的编辑距离。) 举个栗子:两个字符串 ...
(356)次阅读|(0)个评论
QIIME 2序列处理情况汇总详解 2022-11-07
(一)物种组成成分之参考序列提取 命令:qiime feature-classifier extract-reads --help 参数解释: --p-f-primer --p-r-primer 上下游 ...
(480)次阅读|(2)个评论
QIIME 2教程之生成特征表和特征序列(案例二) 2022-11-06
案例 二(其他fastq数据格式(单端数据)) (一) 样本元数据 在开始任何分析之前,熟悉元数据很重要。元数据 metadata.tsv 。 ...
(611)次阅读|(5)个评论
QIIME 2教程之生成特征表和特征序列(案例一) 2022-11-06
案例一(地球微生组计划(EMP)单端数据) 数据来源研究文章《Moving pictures of the human microbiome》在2011年发表于Genome Biology。(QIIME 2在五个时间 ...
(485)次阅读|(1)个评论
QIIME 2教程之物种组成分析 2022-11-05
为什么要训练分类集? 因为不同实验的扩增区域不同,鉴定物种分类的精度不同,提前的训练可以让分类结果更准确。但目前ITS区域训练对结果准确性提高不大, ...
(551)次阅读|(2)个评论
QIIME 2安装教程 2022-11-05
 主要以下步骤   第一步,安装Miniconda 自己根据自己的电脑系统选择对应版本进行安装即可。 第二步,安装qiime2 第三 ...
(428)次阅读|(0)个评论

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GMT+8, 2022-11-28 20:05

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