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Phylomatic生成进化树及物种功能性状聚类

已有 15185 次阅读 2010-11-27 21:17 |个人分类:科研笔记|系统分类:论文交流|关键词:学者| 进化树, phylomatic

Generating phylogenetic trees with Phylomatic and dendrograms of functional traits in R

基于现有的物种之间的进化关系,将其拟合成一个进化树,一直是进化生物学家和生态学家非常关心的问题。Phylomatic软件使得用户可以用物种名录生成基于APGIII的进化树框架,进而用Phylocom软件拟合出分化时间。这使得计算群落内部和群落之间的系统发育关系成为可能。

同系统发育关系类似,物种在的功能性状组成的多维空间中的距离,对于回答诸如群落物种组成的关系也是极为重要的。

这里的幻灯片是2010年8月在Community phylogenetics 培训班上的资料。内容第一部分涉及如何在Phylomatic上生成进化树,怎样在Phylocom中校对枝长。第二部分为如何根据物种的功能性状,推测物种之间的距离,并进一步用聚类分析的方法给出聚类结果。如何对结果进行筛选等。

供有兴趣的同仁参考。

 下载 幻灯片   Generating phylogenetic trees with Phylomatic

 

 

 







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3 熊荣川 杨华磊 xiangyu123

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