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宏基因组 微生物组 微生物生态领域杂志简介及最新影响因子

已有 19082 次阅读 2018-6-29 01:22 |个人分类:新闻|系统分类:科研笔记|关键词:学者

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一年一度的影响因子又发布了,各种影响因子汇总的文章瞬间刷爆了朋友圈。

作为本领域的专业公众号,一直想找介绍系统介绍一下本领域的杂志,借此机会,来简介一下本领域的杂志、影响因子和分区,为同行阅读文献的选择、杂志投稿、毕业升职加薪助力。

2018我要实现自己一个小目标,许愿吧!!!

综合类

自然 Nature

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期刊简介:IF(2018): 41.577; 中科院一区;周刊;年文章数879篇。

期刊网址:https://www.nature.com/

点评:公认最顶级的综合期刊,影响因子多年稳定在40左右,一直位于CNS之首,近年来微生物组文章多次成为封面,也是同行神往的杂志。但一年仅800多篇的位置,来自全球所有领域的竞争,发表一篇还是相当困难的。其拒稿率有多高,相信感受过其投稿被拒的同行们应该深有体会。

Nature还是比较喜欢菌群研究论文的,近一年来我们收到最后的解读投稿就来自本杂志,相关链接如下:

而且这些全是纯Nature的文章,如果加上其子刊和综述类,占比可达本公众号涉及文章的一半以上,可见Nature系统在本领域的统治地位般的影响力。

下段引自genemedical上对CNS的评论,感觉很有意思分享给大家

作为三种相互独立的期刊,新词“CNS”已经成为科研工作者,包括学生、技术员、教授口中出现频率最高的词汇之一。在这里没有列出它们的影响因子,因为列出来也毫无意义!诸君估计会问:为什么毫无意义?是因为在乎它们影响因子的人永远也发不了CNS,而能发CNS的人肯定也不在乎其影响因子了。这三个期刊的威力,可以说是能让一个民工瞬间晋升为博导的神器。三者之间的对比,无论它们是20分、30分、抑或是40分,都没有太大区别,其名字本身就是碾压了SCI影响因子的存在。虽然我等可能终身无望发表,但也无碍于我们对它们进行憧憬,就如同笔者虽然买不起“百达翡丽”,但也可以去专柜欣赏把玩一番。CNS虽然都高大上,但是其风格还是各有侧重。从篇幅上来说,Cell篇幅最长,Nature次之,Science最短。其中Cell读起来最为畅快,故事完整,逻辑清晰,思路缜密,意义重大,而Nature和Science,通常正文只有2-3页,3-4组图,其篇幅偏短,字体偏小,晦涩难懂,让人感觉每一句话都暗藏玄机,读起来浑身不爽。通常还要打开几十页的补充材料,与正文相互比证,短短的几页文字阅读时间通常比十几页的Cell还要长。至于CNS的投稿要求,笔者就不展开介绍了,以免美捷登认为我有骗取稿费之嫌。

自然系统等级简介

首先要知道,自然杂志是一个多达50本杂志的出版集团,自上而下分为五个等级体系,每一级如果被拒稿可依次往下申请转稿。

  1. 自然。综合期刊,接受最顶级的研究,同时要考虑非同行的读者可以阅读的要求。每年平均800篇文章,版面极稀缺。
  2. 自然子刊(Nature XXX)。XXX代表专业领域顶级期刊,影响因子范围10 - 40,只是学科不同,但不影响其作为各领域顶级期刊的地位。虽然自然生物技术前几年引影响因子高于自然,但很多文章仍是自然拒稿转投的产物。自然主刊的认可度和传播影响是其它杂志无法比拟的。
  3. 自然通讯(Nature Communication)。开创性研究成果,主要承接自然及子刊拒稿的顶级研究。开放获取,但收取出版费(虽然子刊有可能没有通讯IF高,但定位是高于通讯的)。影响因子稳定,发稿量年均3000多篇,包含有中国研究机构的文章达500多篇。
  4. 通讯系列(Communications XXX)。承接自然子刊和通讯拒稿,要求有一定创新性研究成果,今年刚开始发行,最早也要2021年才会有影响因子,预测影响因子会在6-10分之间,其中与我们相关的通讯生物(Communications Biology)很可能在8分以上。https://www.nature.com/commsbio/
  5. 科学报告(Scientific Reports)。即能承接上面4级筛选后的文章,肥水不流外人田;又可以抢占开放获取市场巨大的蛋糕,文章只要求科学性,不要求创新性,接收率60%。年发表文章2万多篇,仅16年包括有中国单位(包括中国机构主导和参与)文章7700多篇。要知道每篇文章的出版本费高达人民币1.12万元,2万篇文章的资金流水可达2亿多元。
    https://www.nature.com/srep/

虽然目前自然出版集团杂志种类不多,但占领了各领域的高端用户,并作凭借其影响力,火力全开吸纳中低端用户,5级金字塔模式——精确满足不同层次客户,在科研领域的影响力无人能比。

科学 Science

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期刊简介:IF(2018): 41.058; 中科院一区;周刊;年文章数806篇。

期刊网址:http://www.sciencemag.org/

点评:顶级的综合期刊,生物领域CNS三巨头之一,文章正文篇幅短小,题材偏科普,要求受众广泛。影响因子逐年上升,看来照顾非专业读者才更有前景,近年来微生物组文章多次成为封面,也是同行神往的杂志。如上图左1的封面即为中科院微生物所王军老师一作的代表性研究。

Science也比较喜欢菌群研究,本平台导读过如下相关成果:

细胞 Cell

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期刊简介:IF(2018): 31.398; 中科院一区;双周刊;年文章数701篇。

期刊网址:https://www.cell.com

点评:生物领域顶级期刊,CNS三巨头之一,文章正文篇幅长,要求机理解析清楚,学术性非常强,插图摘要(Graphic Abstract)是其杂志的一大特色,影响因子稳定在30左右。

今年三月推出的菌群专刊上(上图左1),让无数同行为之疯狂:

本平台导读过如下相关成果,4篇全是综述:

为什么我们没有推送过Cell文章的Aritle文章?因为文章太长,无论是编辑整理,都不太适合大众阅读。在文献科普导读领域,有热心肠己经非常专业了,有更深层次需求的专业人士,自然会仔细阅读原文。

美国科学院院报 PNAS

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期刊简介:IF(2018): 9.504; 中科院一区;周刊;年文章数约4000篇。

期刊网址:http://www.pnas.org/

点评:其全称为 Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America。曾经是综合期刊类影响因子世界第三,现己被后起之秀Nature Communication、Science Adavances等新兴期刊超越。但其强大的院士编委团队、总引用量还是可以和CNS比肩的。比较有特点的是院士贡献机制,每位美国科学院院士(包括外籍)每年最多可使用三次Contribute的机会,即采用审稿人指定两位同行院士直接审稿的机制。有人认为Contribute有灌水嫌疑,也有人认为此类文章更有价值(用人单位更愿意选择有多篇Contribute PNAS的作者作为引进人才,正是看中你院士导师对你的认可,和他强大的院士朋友圈,万一投稿不顺还可以求助前老板发动技能来个PNAS保底)。

值得注意的是,综合杂志上发表的生物学文章,一般真实引用都是高于杂志影响因子的(因为生物圈子足够大,学科交叉强,需要引文偏多三大原因),都是杂志中拉分的主力。如我们报导过的下面这篇文章,发表不到三年,引用297次,比Nature平均引用还高一倍。

微生物组领域

ISME Journal

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期刊简介:Nature子刊,全称Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology(微生物生态交叉学科杂志),IF(2018): 9.520; 中科院一区;年文章数346篇。微生物领域老牌顶级杂志,近5年发稿量和影响因子非常稳定。

期刊网址:http://www.nature.com/ismej/index.html

微生物组 Microbiome

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期刊简介:IF(2018): 9.133; 中科院一区;年文章数69篇。

期刊主页:https://microbiomejournal.biomedcentral.com/

本领域我个人最喜欢专业期刊,名字起的好,发展没烦恼。当年我们创办公众号就想注册微生物组这个名字,结果被人抢注了。只能退而求其次选择了宏基因组

本杂志获得影响因子仅有3年(微生物组兴趣也没几年),发文量不多,但在同行中影响很大,我们也导读过其多篇文章,偏方法多一些,估计将来会稳中有升:

mBio

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期刊简介: IF(2018): 6.689; 微生物学(二区)。近五年文章数稳定在480左右,影响因子也稳定于6以上,审稿周期平均1.4个月,由美国微生物学会主办。

期刊主页:http://mbio.asm.org/

微生物学前沿 Frontiers in Microbiology

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期刊简介: IF(2018): 4.019; 微生物学 ( 二区 ),年文章数2200篇,影响因子稳定在4以上,审稿周期平均1.8个月。由于其巨大的发行量,我们平时会经常看到它的文章,近年来我国占比猛增,如16年有438篇。

期刊主页:http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology

CNS子刊

自然生物技术 Nature Biotechnology

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期刊简介:IF(2018): 35.724; 中科院一区;年文章数455篇。

原来一直40以上,今年跳水,但绝对不错影响它作为生物领域技术一哥的行业地位。

此刊也发表有大量本领域的方法、软件、测评的文章,一年内我们报导了5篇之多:

自然方法 Nature Methods

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期刊简介:IF(2018): 26.919; 生物化学研究方法 ( 一区 );年文章数300篇左右。

方法学神刊,影响因子在30左右波动,生物学软件方法、评测类文章能发于此,是很多同行的追求(极少数可发NB,但可望而不可及),此杂志要求不仅要软件好用,更要结合具体科研项目提供新的发现。下有两篇我们介绍过的文章,分别为软件评价,和比对较件:

Salmon是一个能看出平台重要性的例子。同一个软件在bioRxiv上两年多才引34次,发布在Nature Methods上几个月就引用64次。单位时间差距至少5倍以上,所以好方章有好的宣传平台,影响力不言而喻。

自然综述微生物 Nature Reviews Microbiology

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期刊简介:IF(2018): 31.851; 微生物学 (一区);年文章数150篇。随着微生物组领域大热,该杂志近5年影响因子持续走高,今年直接提高5分。可见微生物组领域的大热势不可挡。

作为连续走高的30分以上综述,确实篇篇给力,只要和你的研究相关,确实值得精读,一篇顶百篇,超级系统的入门材料,系统文献一网打尽。还不知道如何入行的,快找两篇和你相关的文章,读懂读透,可最高效入行。本平台报导过如下三篇:

自然微生物 Nature Microbiology

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期刊简介:IF(2018): 14.078; 微生物学 (四区,因为之前没有IF,今年重评肯定回1区);年文章数132篇。随着微生物组领域大热,自然杂志虽然已经有ISME统治微生物领域,但也继续发力创办了微生物学子刊,该杂志今年首次获得影响因子即破14,将来稿源会更加充足,水平有望进一步提升,直接填补了本领域从40分(CNS)到9分(Microbiome、ISEM J)中间的空白地带。会与Cell Host & Microbe竞争专业第一的位置,且稿件研究内容更广泛。

在已经有Nature Reviews Microbiology的条件下,该杂志仍继续约大牛发综述,保证其影响因子处于高位。

自然通迅 Nature Communication

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期刊简介:IF(2018): 12.353; 中科院一区;年文章数3685篇。

影响因子缓慢持续走高,而其中的生物学文章更是高手中的高手,是杂志保护12+的拉分能手。如:

其它自然子刊

自然子刊的成员非常之多,但定位均高于Nature Communication,虽然有些子刊影响因子低于NC,但也是有被拒后转稿至NC的机会。

下方再简介三个我们报导过菌群文章的相关子刊

Nature Medicine:IF(2018): 32.621; 中科院一区;年文章数303篇。

Nature Genetics:IF(2018): 27.125; 遗传学 (一区);年文章数310篇。

  • Nat. Genet.:微生物如何适应植物的? 评论 正文

Nature Plant:IF(2018): 11.471; 植物学 (一区)。 曾经的植物学霸主Plant Cell目前只有8.228。

环境科学

水研究 Water Research

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期刊简介: IF(2015-2016): 7.051; 二区,年文章数651篇,审稿周期平均2.0个月。

期刊主页:https://www.journals.elsevier.com/water-research/

环境科学与技术 Environmental Science & Technology

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期刊简介: IF(2018): 5.869; 二区,年文章数1,47。

期刊主页:https://pubs.acs.org/journal/esthag/

环境微生物 Environmental Microbiology

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期刊名称:Environmental Microbiology

期刊简介:IF(2018): 4.974; 微生物学 (二区),月刊;年文章数500篇。

期刊网址:http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1111/(ISSN)1462-2920

医学顶级期刊

医学领域四大神级医学周刊是我们医学生的梦想。其按照影响因子出场如下:

  • New England Journal of Medicine (NEJM, 79.258, 新英格兰医学杂志)
  • Lancet (Lancet, 53.254, 柳叶刀)
  • Journal of the American Medical Association (JAMA, 47.661, 美国医学协会杂志)
  • British Medical Journal (BMJ, 23.259, 英国医学杂志)

这四个杂志发表很多微生物的文章,但我的研究方向与医学没有半毛钱关系,个人了解不多,离我也非常遥远,话不多説。

Gut

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期刊简介:IF(2018): 17.016; 微生物学 (二区),月刊;年文章数500篇。近几年肠道菌群大热,Gut上也表达了大量菌群研究的工作,每期必须Gut Microbiota栏目,也推动了本杂志影响因子5连涨,从10分达到今年17。

下文是中科院北京生科院赵方庆团队近期作品,由一作导读和分享PPT。

国内杂志推荐

目前国内有很多高水平的杂志了,而且也非常关注微生物组领域的研究,有好成果发表在国内好杂志,不是更好吗?

GigaScience

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期刊简介:IF(2018): 7.267; 综合学科 (二区);年文章数50篇左右。大家亲切的称它为华大学报,关注大数据还是有钱途的。

我们报导过其中两篇,分别为数据分析框架和MWAS分析的工作,如下:

此外,具我所知,我们宏基因组0号群里的中农周欣教授,新加坡的李陈浩同学都在此杂志上发表过多篇高水平文章,值得关注。

Genomics Proteomics & Bioinfomatics

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期刊简介:IF(2018): 6.615。中科院基因组所主办的杂志,今年首次获影响因子即破6,文章偏生信、基因组和蛋白组,非常关注宏基因组。大家亲切的称它为基因组所刊,近期还成立了中国的大数据中心GSA,无论是投稿,还是数据共享,都值得同行关注。

小编在4年前投过此杂志,审稿和后期处理速度很快,从投到接收不到一个月,其工作效率可见其前途。

Protein & Cell

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期刊简介:IF(2018): 6.228。中科院北京生科院所主办的杂志,饶子和院士任主编,近5年从2.8分稳步增长,今年首次影响因子破6,上个月还组织了微生物组专刊,值得同行关注。

期刊网址:http://www.protein-cell.org/

Journal of Genetics and Genomics

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期刊简介:IF(2018): 4.066。中科院遗传发育所、中国遗传学会主办的杂志,主编薛勇彪,影响因子近5年稳步增长并翻倍,今年首次破4,预计两年内可实现破5,值得同行关注。

期刊网址:http://www.jgenetgenomics.org/

Science China-Life Sciences

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期刊简介:IF(2018): 3.085。中国科学生命科学,由中科院主办,李家洋院士任主编,今年影响因子破3,预计影响因子将持续走高。

目前已经开始关注本领域的研究,如今年本月的封面文章即为水稻微生物组相关工作,值得同行关注:

期刊网址:http://life.scichina.com

小知识:影响因子

影响因子的计算

ISI每年出版JCR期刊引用报告 (Journal Citation Reports)评估期刊的影响力。

JCR对12000多种期刊(网络版) 之间的引用和被引用数据进行统计、运算,并针对每种期刊定义了影响因子 (IF: impact factor)等指数加以报道。

影响因子计算如下:IF = (某刊前2年发表论文在该年的被引用次数) / (该刊前2年发表论文总数)

提高引响因子的十条建议

根据上面的计算公式,我们发现可以通过增大分子(引用次数)、减小分母(论文总数)来快速提高影响因子。

具体的作法有哪些呢?

  1. 编辑的眼光:倾向选择将来2年内容易高引的方向和研究内容;
  2. 出版平台:同样的文章在Nature大平台曝光会比在bioRxiv上引用高5倍;
  3. 社交平台:宣传很重要,成果由编辑部、作者共同经tweet、朋友圈和公众号介绍给同行;文章和杂志同行没听过,如何引用你!推荐杂志社要办自己的自媒体,如公众号,更要多与一些同行大号合作,如BioArt、植物科学最前沿、热心肠先生等合作。当然我们的“宏基因组”在本领域也是有一定影响力的,欢迎同行杂志合作。
  4. 开放获取:没名气还收费,不作就不会死;
  5. 约稿大牛:这需要关系,发动编辑、主管领导、及二级人脉,无论什么手段,拿到高质量的稿件是最实在的东西;约大牛当guest editor:办热门领域专刊,只赚不赔;
  6. 发表时间:通常发表的年初的文章,在JCR统计中更容易积累更多引用,杂志社倾向将高引年初发表,低引年末发表;
  7. 口味的倾向:现在生物学交叉学科众多,如生信、软件、方法和宏基因组等热门方向,都是生物杂志应优先考虑的;
  8. 综述:综述通常是比研究更容易引用的;
  9. 可视化和分析软件:研究被引用频率不会太多,但通用的分析、可视化是很多人需要求,好的生物软件、在线server绝对受同行欢迎,NAR的很多引用都来自其web server专栏;
  10. 减小分母:注意,有些文章是可以被引用,但并不计入影响因子计算的论文总数,如letters to the editor、comment、news、annoucement、outlook、persepctive等类型(其特点是没有摘要或参考文献的文章)不会作为可引用文献被JCR统计。将潜在低引文章转换类型,增加这些类型文章的比例,增加存在感,减少低引文章作为分母。

最后:查询文章,下载原文,引影因子和趋势分析,推荐根哥的网站 http://www.geenmedical.com ,还有国人发稿量、国人占比、中国发稿分析等特色项目,更有官网入口、投稿须知、版面费说明和投稿的链接。这样专业的整理实在是太贴心了。

杂志影响因子列表

仅列出了本领域常用的3分以上杂志列表,按影响因子排序。

注:文本版方便复制、检索

Full Journal TitleIF
NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE79.258
LANCET53.254
JAMA-JOURNAL OF THE AMERICAN MEDICAL ASSOCIATION47.661
NATURE41.577
SCIENCE41.058
NATURE BIOTECHNOLOGY35.724
NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY31.851
CELL31.398
NATURE METHODS26.919
BMJ-British Medical Journal23.259
CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS20.642
Cell Metabolism20.565
Cell Host & Microbe17.872
GUT17.016
Nature Microbiology14.174
FUNGAL DIVERSITY14.08
MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS13.439
GENOME BIOLOGY13.214
Advanced Science12.441
Nature Communications12.353
TRENDS IN MICROBIOLOGY11.776
NUCLEIC ACIDS RESEARCH11.561
Science Advances11.511
Nature Plants11.471
FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS11.392
Annual Review of Microbiology9.808
ISME Journal9.520
National Science Review9.408
PLOS BIOLOGY9.163
Microbiome9.133
Cell Systems8.982
Nature Reviews Urology8.089
WATER RESEARCH7.05
GigaScience7.267
CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY6.710
mBio6.689
GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS6.62
Protein & Cell6.228
PLoS Pathogens6.158
Environmental Science & Technology Letters5.87
Current Topics in Microbiology and Immunology5.829
mSystems5.750
BIOINFORMATICS5.481
Global Change Biology Bioenergy5.415
CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION5.394
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY4.974
CRITICAL REVIEWS IN MICROBIOLOGY4.738
Journal of Oral Microbiology4.444
CELLULAR MICROBIOLOGY4.410
npj Biofilms and Microbiomes4.128
Journal of Genetics and Genomics4.066
Frontiers in Microbiology4.019
SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY3.899
MOLECULAR MICROBIOLOGY3.816
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY3.633
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology3.520
FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY3.495
INTERNATIONAL JOURNAL OF FOOD MICROBIOLOGY3.451
APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY3.340
INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY3.298
MEDICAL MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY3.202
Future Microbiology3.190
Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials3.155
JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY3.103
Science China-Life Sciences3.09

后台回复影响因子,获得最新完整影响因子详细、中科院分区、本领域杂志影响因子详细信息。

Reference

Web of Science 需机构有权限才可访问 https://isiknowledge.com

微生物生态领域专业SCI期刊 https://mp.weixin.qq.com/s/gav_-neXagcvEUXcE8pNFg

临近毕业,微生物生态相关文章可以投稿哪些SCI杂志? https://mp.weixin.qq.com/s/ng5TLxzv4TSbUMF7E94SpA

你该知道的杂志分区和影响因子及2018最新影响因子下载 https://mp.weixin.qq.com/s/BWn7h_fcAfjFRWAMi-nWZg

GeneMedical文献检索和投稿选刊:http://www.geenmedical.com

维基百科-影响因子 Editorial policies that affect the impact factor https://en.wikipedia.org/wiki/Impact_factor

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写在后面

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学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
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