对于PDB中存在缺失loop信息的，可以使用Schrodinger软件的Protein Prepare Wizard 进行loop的修复。PDB中不存在缺失loop信息时，可以使用Schrodinger软件的Crosslink proteins进行loop的修复。但是当缺失loop残基数超过20时，这两个模块都无法正常运行，这时可以选择使用modeller修复loop。

该网址是modeller官网详细的说明教程： 

https://salilab.org/modeller/wiki/Missing%20residues

值得注意的是，教程最后给出了两个脚本，一个是以缺失的蛋白PDB结构为模板进行同源模建修复loop，这样得到的蛋白骨架结构会和PDB原始结构存在小幅差异；第二个脚本是只行进loop的修复，而保持蛋白其他部分结构不变。