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《核酸研究》:清华大学郗乔然团队揭示lncRNA-Smad7调控小鼠胚胎干细胞早期命运决定新机制

已有 631 次阅读 2022-9-27 15:26 |个人分类:小柯生命|系统分类:论文交流

2022年9月22日,清华大学生命科学学院郗乔然团队《核酸研究》Nucleic Acids Research杂志在线发表题为“LncRNA-Smad7通过介导Nodal/TGF-β以及BMP信号通路调控全能以及多能干细胞的早期命运决定过程”(LncRNA-Smad7 mediates cross-talk between Nodal/TGF-β and BMP signaling to regulate cell fate determination of pluripotent and multipotent cells)的研究论文。

转化生长因子β(transforming growth factor β, TGF-β)超家族在细胞分化以及早期胚胎发育过程中发挥重要作用。在早期发育过程中,细胞内外均存在着Nodal/Activin/TGF-β以及BMP信号通路的配体,而它们之间的相互调控目前也是很重要的研究方向。心脏是发育过程中最早发育的器官之一,其中TGF-β以及BMP信号通路对于调控心脏的正常发育至关重要,也有很多组织特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA)在早期心脏发育过程中发挥重要的作用。随着对TGF-β信号通路的深入研究以及对lncRNA调控方式的进一步探索,人们也揭示了TGF-β信号通路通过一些lncRNA调控对早期胚胎发育的机制。但是TGF-β与BMP信号通路,如何通过lncRNA进行相互调控的机制,目前还鲜有报道。

在最新这篇论文中,研究团队通过生物信息学分析,在全转录组范围内鉴定到若干个被Nodal/TGF-β调控的长链非编码RNA(lncRNAs),并且对其中的lncRNA-Smad7进行了深入研究。LncRNA-Smad7Smad7基因,分别从基因组的两条链进行转录,且共用启动子,所以命名为lncRNA-Smad7,但是它可以独立于SMAD7发挥功能。研究发现,lncRNA-Smad7是Nodal-SMAD信号的直接靶基因,它的表达在早期中内胚层发育过程下调。基于分子生物学、生物化学、细胞生物学等研究,他们发现lncRNA-Smad7可以通过(CA)12重复序列结合在Bmp2基因的启动子区,形成R-loop结构,从而抑制Bmp2基因的表达,抑制BMP信号通路,进而调控小鼠胚胎干细胞早期的命运决定过程。LncRNA-Smad7缺失会导致心肌前体细胞增殖能力增强,而心肌细胞成熟过程受损;lncRNA-Smad7缺失也会导致C2C12细胞的成肌分化过程受损,而成骨分化过程增强。他们进一步鉴定到lncRNA-Smad7的相互作用蛋白hnRNPK可以结合在Bmp2基因的启动子区,很可能会促进lncRNA-Smad7Bmp2启动子区的结合,参与调控该区域H3K27me3信号强度;lncRNA-Smad7缺失也会影响Bmp2启动子区的R-loop结构,说明lncRNA-Smad7很可能通过形成R-loop结构,参与调控Bmp2的表达。

该研究充实了TGF-β信号通路对早期发育过程的调控方式,发现lncRNA-Smad7可以通过结合在Bmp2基因的启动子区,调控早期胚胎发育过程中BMP信号通路,介导Nodal/TGF-β以及BMP信号通路的相互调控,调节信号通路之间的平衡,也揭示了lncRNA新的调控机制。

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图:Nodal信号通路转录激活长链非编码RNA lncRNA-Smad7的表达,lncRNA-Smad7结合在Bmp2的启动子区,抑制Bmp2的转录表达,进而调控小鼠胚胎干细胞向心肌细胞的分化过程

清华大学生命科学学院郗乔然副教授为论文通讯作者。清华大学博士生孔小会为第一作者。郗乔然实验室博士生闫坤、博士生付海鹏、学生孙宏瑶、清华大学生命科学学院刘俊杰实验室博士后邓谱涓、张强锋实验室博士后黄文泽、中科院深圳先进技术研究院副研究员姜双英,对实验的顺利开展做出了重要贡献。

本研究得到国家自然科学基金、清华-北大生命科学联合中心的经费支持。

相关论文信息:

https://academic.oup.com/nar/advance-article-abstract/doi/10.1093/nar/gkac780/6711145




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