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番茄连作青枯病不同发病时期的非根际土壤细菌群落变化特征
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土传青枯病是严重危害番茄可持续生产的一种连作障碍现象。其病原菌为茄科劳尔氏菌(Ralstonia solanacearum),可侵染200多种植物,其中番茄、马铃薯、烟草等作物受害最为严重。以往研究发现,植物在不同发病时期土壤微生物群落的组成不同,连作也会改变土壤的微生物群落组成,那么发病时期引起的微生物群落组成的差异会随着连作时间的增加如何变化呢?为解释该疑问,中国科学院南京土壤研究所李建刚课题组以连作番茄为研究对象,利用实时荧光定量PCR和高通量测序技术,探究青枯病不同发病时期的非根际土壤细菌群落差异及其随连作时间的变化趋势。
不同发病时期的青枯病发病程度不同
连作番茄青枯病发病率呈先增加后降低的趋势,连作第5季是青枯病的一个爆发期,随后病情减缓。另外,由青枯病的发病特征可知,发病末期的植物长势和健康程度要远低于发病高峰期。
发病高峰期青枯菌的数量高于发病末期
发病高峰期的青枯菌fliC基因拷贝数高于发病末期,发病高峰期每克土壤的平均青枯菌fliC基因拷贝数为1.28 × 107,发病末期则为1.77 × 106,但差异并不显著。
不同发病时期的细菌群落存在差异
两个发病时期土壤细菌的香农指数和物种丰富度指数在试验开始(第1季)和试验结束(第7季)时均没有显著差异。主坐标分析(PCoA)和置换多元方差分(PERMANOVA)结果显示,第3季和第5季的两个发病时期之间的细菌群落结构都存在显著差异。研究结果表明,发病越严重的年份,发病时期对细菌群落结构和多样性的影响越大。然而在病害大爆发过后,虽然不同发病时期的细菌群落差异继续增大,但是发病时期对群落结构和多样性的影响程度变小且不显著。
图 非根际土壤细菌群落香农指数(A)、物种丰富度指数(B)和主坐标分析(C)
此外,不同连作时间的发病高峰期和发病末期的样品均有其各自不同的标志细菌类群。相关性分析发现发病高峰期时微杆菌属(Microbacterium)和亚硝化螺菌属(Nitrosospira)的相对丰度与发病率显著正相关;发病末期时norank_f__norank_o__SBR1031、norank_f__Rhodothermaceae和鞘脂菌属(Sphingobium)与发病率显著正相关。这5个属都是发病末期的相对丰度高于发病高峰期。以上结果说明不同发病时期由不同的微生物协助青枯菌使植物发病,并且这些细菌在土壤中逐渐累积。
不同发病时期细菌群落的构建过程不同
对细菌的群落构建过程进行分析,结果表明不同发病时期的土壤细菌群落构建均以随机过程为主,发病末期样品的确定性过程所占比例(H vs H,22.5%)小于发病高峰期(P vs P,26.7%)。
连作条件下不同发病时期的细菌群落间 βNTI 分布图
进一步分析发现随机过程中的扩散限制在所有细菌群落间均占主导地位,占比40%左右。从表中可以看出,发病高峰期的异质化过程占比为40.8%、同质化过程占比为43.3%,发病末期的异质化过程占比为52.5%、同质化过程占比为23.3%,因此,发病高峰期的群落比发病末期的群落更同质化。
连作条件下不同发病时期的细菌群落构建过程解析
总结展望
本研究通过对连作条件下不同青枯病发病时期的非根际土壤细菌群落进行动态监测,发现发病高峰期的青枯菌数量要高于发病末期,且发病率与发病末期的青枯菌数量显著相关。另外,在抑病土形成前,发病时期对细菌群落的影响随连作时间的增加而增加,但在病情减缓后,发病时期的影响呈弱化趋势。在不同发病时期由不同的细菌帮助青枯菌致病,并且这些细菌在土壤中逐渐累积。不同发病时期的细菌群落差异可能是受其不同的群落构建过程驱动。本研究结果加深了对连作条件下的番茄青枯病发展过程的认识,可为防治青枯病提供参考依据。
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