如何利用gromacs自带分析工具，计算两个原子之间的距离？

g_dist: g_dist can calculate the distance between the centers of mass of two groups of atoms as a function of time.

需要提供index文件。每个原子是一个group。

还需要tpr文件，由于可能涉及到pbc。

自动计算多组脚本：(同时将数据画出png图。)

（涉及到将交互过程中需要提供的变量提前存入一个文本文件中）

# dist.sh
# run1-run3, and 3 distances in each run.
i=1
until [ $i -eq 4 ]; do
cd run${i}
j=1
until [ $j -eq 4 ]; do
g_dist -f md.xtc -s md.tpr -n ../index.ndx -o dist${j}.xvg < ../para${j}.txt
j=$(($j+1))
done
gnuplot ../dist.plt
cd ..
i=$(($i+1))
done

Gromacs 5.0以后，g_dist弃用，改成gmx distance:

gmx distance -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -oall < para

其中，index.ndx :

[bond1]

a1 a2

[bond2]

b1 b2

可以一次性计算多个距离。

where dist.plt is

#dist.plt
set term png 
set output "dist.png"
set xlabel "Time (ns)"
set ylabel "Distance (nm)"
plot 'dist1.xvg' u ($1/1000):2 w l title "Zn--HIS6:ND1",'dist2.xvg'...
 u ($1/1000):2 w l title "Zn--HIS13:NE2",'dist3.xvg'...
  u ($1/1000):2 w l title "Zn--HIS14:ND1"

... means 指令跨行，just means, not works。

对xyz文件轨迹的处理

【拟合两个构型】

用gromacs自带工具，拟合两个构型。

trjconv -f file1.pdb -s file2.pdb -fit rot+trans -n index.ndx -o out.pdb

1. 首先转成pdb文件。

2. 将两个pdb文件补或删成一样大小。（修改file1）

3. 生成index.ndx.