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【National Cancer Institute: Batch Gene Finder批量查找基因】

已有 6115 次阅读 2010-12-25 14:57 |个人分类:生物信息学|系统分类:科研笔记|关键词:学者| cancer, institute, National, 查找基因

Cancer Genome Anatomy Project (CGAP)的Batch Gene Finder可以查找Gene information, clone resources, SNP500Cancer, GAI, and transcriptome analysis 等等。

它与NCBI的ENTREZ Gene只能单一基因查找有所不同,其可以通过TXT文档进行批量查找,可以为我们节省大量的时间。它也有单一基因查找的,基本上差不多的,这里就讲了。

1、打开NCI主页,在下方我们可以看到Cancer Genome Anatomy Project (CGAP)。

3、Genes的主页,点击Bach Genes Finder。

2、打开Cancer Genome Anatomy Project (CGAP)的主页,点击中间的Genes.


 




4、Bach Genes Finder的主页。



5、选择基因编号。打入TXT文档。







6、点击Create genes list,出现结果列表。包括有基因相关信息。

7、点击Gene Info,出现该基因的序列号和外部数据库链接等信息。



8、点击Sequence ID,有该基因的信息,比如名称、特征及序列等。


9、以下依次打开结果图中的Text,Clones,GO Summary,Chrom Pos],NCI60 Stanford,NCI60 Affymetrix Novartis,NCI60 Affymetrix U133,SHORT SAGE Summary,LONG SAGE Summary 。

Text:基因的简洁结果表。


Clone:基因簇的列表




Go 分类表。


染色体位置。




基因表达谱的热图:包括基因名称,组织细胞类型,信号强度等。




10、选择不同显示方式,包括Pathways等。



 







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