绘制基于分子数据的TCS网络图的基本步骤

熊荣川

中国科学院成都生物研究所

xiongrongchuan@126.com

在进行系统发育生物学或是谱系地理学方面的研究时，我们常常需要用到单倍型网络图，其中较为广泛应用的就是TCS网络图。怎么应用分子序列来绘制TCS网络图呢？

当然首先，你下载了软件TCS1.21（Clement et al.，2000）

（下载地址http://darwin.uvigo.es/software/tcs.html）

还有就是准备好你要分析的序列文件。

打开TCS1.21之后，只是一个小小的窗口，

为了图文并貌请下载pdf文件阅读

绘制基于分子数据的TCS网络图的基本步骤.pdf

后记：很多朋友反映使用各种软件转成phy格式之后，导入TCS分析老是出现格式不对的问题，导致无法进行后续分析。

其原因在于这个软件使用的所以phy格式和其它软件生成的phy格式不符

如我们使用bioedit生成的phy格式如下

而TCS软件包中，示例文件“example.phy”的格式如下

因此只要手工调成该软件默认的phy格式（如“example.phy”）即可。在修改时把握以下几个原则：

1、序列单行

2、单倍型名称和对应的序列在同一行。两者之间要留有空格，这些空格加上名称的字符数须等于10，

不足的在英文输入法下补齐。

3、首行和其它软件生成的phy格式的首行是一样的，提供两个数字，一是单倍型数量，而是简介数，两者之间是一个英文输入法下的一个空格。

如果数据量大，我们实验室可以代劳：）

FastoTCS(infas,length.blank,seqlength)