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利用xcryden画出振动模式图

已有 6563 次阅读 2014-11-27 13:53 |个人分类:pwscf|系统分类:科研笔记|关键词:学者| phonon声子, 震动模式, xcryden

1. pw.x 计算基态

&CONTROL
                calculation = 'scf' ,
               restart_mode = 'from_scratch' ,
                     outdir = './tmp' ,
                 pseudo_dir = '/home/plgong/pseudo' ,
                     prefix = 'graphene' ,
                    tstress = .true. ,
                    tprnfor = .true. ,
/
&SYSTEM
                      ibrav = 0,
                        nat = 2,
                       ntyp = 1,
                  celldm(1) = 4.6487
                       ecutwfc= 60 ,
                       ecutrho=480
                      nosym = .false. ,
                       nbnd = 8,
                 tot_charge = 0.000000,
                occupations = 'smearing' ,
                    degauss = 0.02D0 ,
                   smearing = 'methfessel-paxton' ,
/
&ELECTRONS
                   conv_thr = 1.D-10 ,
                mixing_mode = 'plain' ,
                mixing_beta = 0.3D0 ,
            diagonalization = 'david' ,
/
&IONS
               ion_dynamics = 'bfgs' ,
          pot_extrapolation = 'second_order' ,
          wfc_extrapolation = 'second_order' ,
/
&CELL
              cell_dynamics = 'bfgs' ,
             press_conv_thr = 0.1 ,
/
ATOMIC_SPECIES
   C   12.01000  C.pz-rrkjus.UPF
K_POINTS automatic
 60 60 1   0 0 0
CELL_PARAMETERS (hexagonal)
   0.991453011   0.000000000   0.000000000
   -0.495726505   0.858623494   0.000000000
   0.000000000   0.000000000   3.723068006
ATOMIC_POSITIONS (crystal)
   C        0.000000000   0.000000000   0.050000054
   C        0.333333333  -0.333333330   0.049999946

2. ph.x 计算 $\Gamma$ 点(单位2 $\pi$ /a)频率

ph for graphene
&inputph
tr2_ph=1.0d-15,
prefix='graphene',
amass(1)=12.0,
outdir='./tmp',
fildyn='graphene.dyn',
/
0.0000 0.0000 0.000

3. dynmat.x计算振动模式

&input
fildyn='graphene.dyn'
asr='crystal',
q(1)=0,q(2)=0,q(3)=1,
filout='graphene.out'
filmol='graphene.mold'
filxsf='graphene.axsf'/


最后得到axsf文件就是我们需要的震动模式文件,可以用xcryden打开

命令:xcryden --axsf graphene.axsf

操作:在“Display”里面打开“Forces”,那些矢量就显示出来了,但可能默认效果很差,你可以在"Modify"里打开“Force settings”来设置长短、箭头形状、粗细、颜色等。

附录:

http://www.xcrysden.org/doc/XSF.html#__toc__5

http://people.sissa.it/~degironc/QE-Tutorial/tutorial_phon.htm



https://m.sciencenet.cn/blog-685489-846704.html

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