使用R软件Vegan包计算16s高通量测序数据的α生物多样性指数

这里介绍一下用R软件中vegan包计算生物多样性指数的方法：

R软件安装请自行搜索。

第一步：制作数据矩阵。

建议在Excel中整理成如下格式：

第一列是样本名称，注意第一行type不可为空，其它列为物种名及数据值。

将数据保存为.txt或.csv格式，如命名为diverdata.csv

注意把数据文件拷贝或保存到R的工作目录中。

第二步，读取数据到R中。

命名变量divdata

divdata=read.csv("diverdata.csv", header=TRUE)

第三步，多样性分析

调用vegen程序包

library(vegan)  

Shannon.Wiener=diversity(divdata,"shannon")  #计算shannon.wiener指数

Simpson=diversity(divdata,"simpson") #计算simpson指数

InSimpson=diversity(divdata,"inv")  #计算invers simpson指数

S=specnumber(divdata)  #计算物种累计数

plot(S)  #显示物种累计数结果

J=Shannon.Wiener/log(S)  #计算Pielou均匀度指数

第四步，数据保存

将上述数据保存为.csv文件，并保存于E盘

write.csv(Shannon, "E:/Shannon.csv")

write.csv(Simpson, "E:/Simpson.csv")

write.csv(InSimpson, "E:/InSimpson.csv")

write.csv(J, "E:/Pielou.csv")

最后，可将上述.csv文件进行分组差异检验。