关注：

1) 晶体结构预测软件普适的运行过程

2) USPEX的运行过程

xxxxx

qstat  -a

55005.mu01    USPEX        48589     1   4    --  01:30 R 00:25

qstat -f  55005

init_work_dir = /db/home/yexq/work/uspex/ceh2-0g-4f/CalcFold3    【对应INCAR_3?】

摘录学习：

http://blog.sciencenet.cn/blog-100989-855973.html

 

1. 高压搜索计算，对赝势的检测：

200GPa以上简单算算，然后用hard PP简单测试下

 最靠谱的办法是用wien2k检验一下计算结果
钱广锐-石溪(172449145) 1/2/2015 4:55:32 PM
 问题不大的话，继续用普通PP算

董校-南开/石溪(420882335) 1/2/2015 4:55:44 PM

hard的paw有时候能量会出现锯齿不知道为啥。

钱广锐-石溪(172449145) 1/2/2015 4:55:45 PM

最后用hard验证下

300GPa以上，如果用普通的PP，一定要小心谨慎

 检测标准：键长＞截止半径(POTCAR里面的RCUT，单位为br)和*0.75

2. stm中显示键长

3.

1. 发现计算停止，同时still_running存在了很长时间。（使用ls -l 查看时间）
2. 停掉作业提交脚本
3. 删除still_running
4. 手动执行USPEX －r
5. 看报啥错误

摘录学习2：

http://blog.sciencenet.cn/blog-100989-647058.html

 

Q1:

最近学习USPEX, 对T0进行测试，运行 nohup matlab < USPEX.m > log & ，大概几秒钟后，就显示如下的错误。整个过程完全没有调用vasp进行优化计算，你能帮我分析一下吗，或者要做什么修改？谢谢。

Possible reasons: badly tuned optimization parameters or unreasonable contraints.
1, 上面的提示，完全不是INPUT.txt的设置问题，真是KD，害我不断调试了好多参数。

2. matlab普通用户的执行参考 http://wenku.baidu.com/view/01f08cd126fff705cc170ad7.html

 
3 我的root帐户没有vasp.5.2的执行权限，而多次测试是在root帐户下进行的（CalcFold1 ）

4. 重新提交任务时，必须删除上次的Current_EXE.mat Current_ORG.mat Current_POP.mat三个文件，不然仍然会显示上面的错误提示。

Q2:

moab作用的作用提交系统与uspex结合时，submitJob_local.m需要做红色的修改，不然

function jobNumber = submitJob_local()

%-------------------------------------------------------------

%This routine is to check if the submitted job is done or not

%One needs to do a little edit based on your own case.

%1   : whichCluster (default 0, 1: local submission, 2: remote submission)

%-------------------------------------------------------------

%Step 1: to prepare the job script which is required by your supercomputer

fp = fopen('myrun', 'w');    

fprintf(fp, '#!/bin/shn');

fprintf(fp, '#MSUB -l nodes=1:ppn=16,walltime=01:00:00n');

fprintf(fp, '#MSUB -N USPEXn');

fprintf(fp, '#MSUB -q jscn');

fprintf(fp, '#MSUB -j oen');

fprintf(fp, '#MSUB -V tpt=1n');

fprintf(fp, 'cd $PBS_O_WORKDIR n');

fprintf(fp, 'mpiexec   -np 16 /lustre/jhome15/hhb17/hhb172/bin/vasp.st.5.3  > vasp.outn');

fclose(fp);

%Step 2: to submit the job with the command like qsub, bsub, llsubmit, .etc.

%It will output some message on the screen like '2350873.nano.cfn.bnl.local'

[a,b]=unix(['msub myrun'])

%Step 3: to get the jobID from the screen message

end_marker = findstr(b,'.');

jobNumber = b(2:end-1);

disp(['  JobID '  jobNumber ' has been submitted ...'])

%jobNumber = b(1:end_marker(1)-1);

(moab提交作业时，msub myrun会空一行再显示进程号，所以这里要改为2，不然显示提交uspex后，显示这样的提示

??? Attempted to access end_marker(1); index out of bounds because
numel(end_marker)=0.
Error in ==> submitJob_local at 27
jobNumber = b(1:end_marker(1)-1);
Error in ==> submitJob at 26
      jobNumber = submitJob_local();
Error in ==> SubmitJobs_M200 at 26
POP_STRUC.POPULATION(DO_NOW).JobID = submitJob(DO_NOW);

Error in ==> EA_M200 at 12
SubmitJobs_M200();
Error in ==> Start at 73
eval(['EA_' calcTypeStr '()']);)

Q3:USPEX调用matlab提交vasp的优化计算，能够成功提交任务，但会显示如下的错误：

而我单独在alcfold*目录里面msub myrun却能成功运行vasp．后通过ldd /lustre/jhome15/hhb17/hhb172/bin/vasp.2d.5.3与在matlab里面!ldd /lustre/jhome15/hhb17/hhb172/bin/vasp.2d.5.3发现vasp依赖的库不一样，需在环境变量里面把依赖的库加到export LD_LIBRARY_PATH里

 

�ٱ� [1]吉宗威  2013-3-28 09:58是的，每次重新运行时要 ./clean ./clean_tough

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