按照网上的教程，经过高人指点，稍微进行修改， 终于运行成功。现总结出来，以备后阅。

安装

  我用的系统是ubuntu系统，blast+的安装可以使用命令sudo apt-get install ncbi-blast+进行安装。

运行实例：

#建立blast文件夹

mkdir blast

#进入blast文件夹

cd blast

#下载序列

wgetftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/CHR_I/NC_003070.fna

#修改文件名

mv NC_003070.fna Arabidopsis_thaliana.fna

#取前100000行建立新文件sample.01.fna

head-n 100000 Arabidopsis_thaliana.fna > sample.01.fna

#格式化数据库

makeblastdb-in Arabidopsis_thaliana.fna -out Arabidopsis_thaliana -dbtype nucl

In参数后面接将要格式化的数据库，

--dbtype 告诉程序这是核酸数据库。

#进行blastn比对

blastn -query sample.01.fna -db Arabidopsis_thaliana -out test.out -evalue0.001

query ：查询序列，必须是fasta格式；

-db ：格式化好的查询数据库；

-out ：结果输出文件。

#查看结果

less test.out|more

成功