看起来简单，做起来难

马省伟 2014-11-10 17:55

最近在处理snp标记，需要对1万左右的snpmaker进行标记定位，本来打算用mapmaker，结果数量有限制，试用了一些其他软件，结果也不是很理想，闫双勇老师实验室的软件可以用，当标记距离很近时，标记顺序会出错。最后没办法，先把标记按染色体分，然后再用mapmaker3.0，结果运行起来花很多时间。有更好的解决方 ...

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提取指定位置的序列 extract fasta sequence by their position

热度 1 马省伟 2014-11-9 17:12

我们要获得100个基因的启动子序列（ATG上游2k），我知道了这些基因atg的位置。 我习惯举例子来说明问题，小麦3B染色体序列我们已经有了，fasta格式 ，格式如下： 3B CAACCAGAAAATTCTTTGGTAGGCATGAAGGTCTCTGTCACTTGTTCGCCGTTGCTTCAA ATAATAAAGATCAATTATGCTGATTTTGTTGGGCCTAATACAAACTTGATTTAC ...

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