科学网—niuneat的博文

置顶 · 升级版|16srRNA微生物多样性测序报告解读

2021-4-1 17:29

微生物多样性测序（扩增子测序）是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测，获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题，在原有的基础上对报告进一步完善。 ...

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置顶 · [转载]多快好省的宏基因组研究技巧 — 资深专家分享

2020-4-27 13:34

谷禾健康原创近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术 ...

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置顶 · [转载]微生物多样性测序结果如何看？

隐藏 2019-11-18 14:37

原文如何读懂和利用你的微生物多样性测序结果？谷禾健康原创做过16s测序的小伙伴们都知道测完之后会拿到一份结果报告但这并不代表可以开始写文章了看似一大堆数据图表却不知如何下手这是很多人头疼的地方那么怎样给报告中的数据赋予灵魂让它真正成为对你有帮助的分析呢？今天我们来详细解 ...

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[转载]探索肠道细菌的营养偏好

牛耀芳 2022-9-15 10:05

随着一日三餐米面肉蛋菜等一些列食物的食用，数百种化学成分会进入我们的消化道。在那里，它们被肠道微生物组进一步代谢，这是数千种微生物物种的独特集合。因此，肠道微生物组在决定营养如何影响健康方面发挥着重要作用。然而到目前为止，微生物组中的许多微生物的代谢能力仍然是未知的。这意味着我们 ...

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[转载]如何写出高质量论文？【微生物相关已发论文& 科学家经验之谈】

牛耀芳 2021-9-16 10:21

关于微生物的研究已成为研究热点之一，在生物医学、环境、动植物等各个领域都有它的应用。与谷禾合作的客户研究成果都已逐步显现，目前已有上百篇文章发表在各个期刊，我们选了其中几篇文章分享给大家，文末有前沿科学家的写作经验供大家参考。 01 肠道微生物群肝纤维化研究肠道微生 ...

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[转载]解构微生物群中分类群与分类群与环境之间的相互作用

牛耀芳 2021-5-7 09:23

生态学的一个长期目标是捕获多种物种相互作用的多样性，生态系统中存在多种物种时产生的不可预测的影响。例如，动物具有多样的微生物群落，它们的组成是可变的，受随机过程控制，这会影响系统的整体行为。许多涉及复杂网络结构的生态研究通常集中于成对相互作用，忽略了涉及三个或更多的分类单元之间的高阶交 ...

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[转载]以呼吸道微生物组研究为例：探索一步或两步PCR方案在16S V3V4与V4基因区域的偏差

牛耀芳 2021-1-19 14:07

谷禾健康迄今为止，已经有了许多对呼吸道微生物组通过16S rRNA高通量测序的研究。这其中所有基于扩增子的研究的共同之处就是PCR的应用：一是扩增待测序的目标标记基因，二是为多样本的混合测序添加必要的索引序列。这些步骤可以通过一步PCR或两步PCR完成，但没有研究说明两步PCR方案相关的实验室处理步骤是 ...

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[转载]链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用

牛耀芳 2020-11-26 13:20

谷禾健康链读测序（Linked-read sequencing）通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起，能够消除其中的一些错读，从而改进宏基因组组装。但目前还不清楚在使用链读测序时参数的选择对组装的质量的影响如何。近日，香港浸会大学研究人员发表文章通过链读测序对宏基因组组装全面研究。模 ...

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[转载]最新研究进展 | 小儿功能性腹痛症

牛耀芳 2020-11-23 20:04

功能性腹痛性疾病（FAPD）是儿童期最常见的疾病，全世界 25％的儿童和婴儿受其影响。功能性腹痛性疾病小儿功能性腹痛性疾病，目前称为肠脑相互作用障碍，包括肠易激综合症，功能性消化不良，腹型偏头痛和功能性腹痛。罗马IV诊断标准见附录近日，英国和美国的研究科学家联合发表在《NATURE ...

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[转载]肠道菌群 —— 中风的关键参与者

牛耀芳 2020-11-23 11:00

谷禾健康中风是全球范围内最具破坏性的最严重的脑部疾病之一，治疗选择非常有限。中风和其他神经系统疾病与微生物群破坏有关。反过来，中风诱发的菌群失调会通过调节免疫反应而对疾病结果产生重大影响。了解肠细菌-脑串扰的性质可能会导致基于微生物组的治疗方法，从而可以改善患者的康复。本文主要介绍关于肠道微 ...

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[转载]人类微生物组测序数据的聚类：基于距离的无监督学习模型

牛耀芳 2020-11-2 11:15

谷禾健康在现代测序技术的帮助下，微生物组研究的范围被扩大，通过 16S rRNA测序或鸟枪法宏基因组测序可以生成大量的微生物组数据。而微生物群落研究中的一个重要问题是对这些微生物的归类，模拟和分析人类微生物群。通常使用16S rRNA技术量化微生物群落的组成，但量化后的数据是偏斜的，带有过多的0。目前还 ...

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[转载]肠道微生物群在冠心病中的作用

牛耀芳 2020-10-30 09:54

谷禾健康冠心病患者的肠道微生物群存在差异，这已成为共识。研究表明，肠道微生物群与肥胖、糖尿病、血脂异常和高血压有关，这些都是冠心病的危险因素。肠道微生物群通过其代谢产物参与介导胆固醇代谢、尿酸代谢、氧化应激和炎症反应等基本代谢过程，可诱导动脉粥样硬化和冠心病的发生。干扰肠道微生物群的组成， ...

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[转载]乳腺癌和妇科恶性肿瘤辅助化疗后的肠道微生物组成

牛耀芳 2020-10-28 13:27

辅助化疗可导致约三分之一的女性体重增加，葡萄糖耐量下降和高血压。这些事件的潜在机制尚未定义。这项研究评估了乳腺癌和妇科癌症辅助化疗患者的微生物组与体重增加之间的关联。近日发表在《BMC Medicine》上题为“ The intestinal microbiome, weight, and metabolic changes in women treated by adjuvant chemotherapy ...

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