在本地运行awk版的phylomatic利用植物名录生成进化树

热度 1 张金龙 2022-3-31 11:41

Phylomatic网页版在2021年下线后，Cam Webb提供了phylomatic-awk ( https://github.com/camwebb/phylomatic-awk )。可先下载zip包到本地，保存为phylomatic-awk-main.zip。 该软件是用awk语言写成的，在安装了awk解释器的计算机上就可以运行。本文以Windows10系统为例，介绍awk版本的phylomatic的运行。 要运行awk ...

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如何恢复森林？– 从嘉道理农场的森林恢复样地说起

热度 3 张金龙 2021-2-16 14:55

内容提要 1华南地区的原始森林 2森林破坏的一般模式 3香港森林的分布与特点 4森林破坏之后自然恢复一段时间后的特征 5森林能自己恢复吗？ 6人们希望恢复生态系统功能 7人工恢复不如自然恢复吗？ 8我们正在做什么工作？ 8.1 ...

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WGS84坐标和HK80坐标之间的相互转换

张金龙 2020-12-14 09:39

HK80（Hong Kong 1980 Grid System）是香港的一种坐标系（EPSG：2326），一般用于地图绘制、工程勘测、树木调查等。不过，生态学研究中最常用的坐标系为WGS84（EPSG：4326），例如GPS一般就是直接给出WGS84的经纬度，Google Earth等也用WGS84坐标系。那么HK80坐标如何转换为WGS84坐标呢？ 香港地政署测绘处给出了测量 ...

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用plantlist程序包查询和处理植物学名 (plantlist 0.6.5)

热度 3 张金龙 2020-5-11 12:36

用plantlist程序包查询和处理植物学名 张金龙 2020-05-11 plantlist包简介 plantlist是用来查询和处理植物学名的R程序包，自2013年发布以来，受到很多老师和同学的关注。 plantlist的主要功能 批量查询植物科属，内置的数据主要来源于The Plant List网站 ( www.theplantlist.org/ )，其中被子植物采用APGIII分类系 ...

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什么是系统发育独立差（Phylogenetic Independent Contrast）？

热度 2 张金龙 2020-2-20 00:16

张金龙、徐姗 系统发育独 立差（Phylogenetic Independent Contrast, PIC）是去除性状分析中物种系统发育关系的一种方法，是美国进化生物学家 J. Felsenstein于1985年提出的。 当时，有动物学家检验了若干哺乳动物脑容量和体重的相关性。然而，所用 统计方法都假设各个种的性状是相互独立的，采集自同 ...

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计算进化树末端节点出现的时间及两节点共同祖先（MRCA）的年龄

张金龙 2020-1-10 14:27

Jinlong Zhang 1/10/2020 目的： 建立进化树 获得进化树中每个种的延续时间 获得某两个种最近共同祖先（MRCA）距离现在的时间 代码 setwd(C:/Users/jlzhang/Desktop/age) library(plantlist) #devtools::install_github(helixcn/plantlist) ##Thi ...

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用phylotools建立supermatrix

张金龙 2019-10-29 09:41

phylotools是用来建立DNA supermatrix矩阵的R程序包，是为了将比对好的基因文件（Fasta文件或Phylip文件）合并成超级矩阵（supermatrix）而编写的。 Supermatrix与Relaxed Phylip格式 supermatrix，就是将不同基因的片段分别比对后，再按照物种名合并形成的大型数据集，以便建立进化树用。 supermatrix一般为Rel ...

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