科学网

 找回密码
  注册
TCGAplot在线版:输入基因,一键绘制TCGA泛癌肿瘤vs正常box图
陈明杰 2024-3-28 17:04
1,TCGA简介 TCGA ( The Cancer Genome Atlas )收集了大量癌症样本的数据,涉及 33 种不同癌症、超过 20000 个样本,包括外显子组测序、 RNA 测序、 microRNA 测序、拷贝数变异、蛋白质组和甲基化组,临床信息等数据,研究者可以利用各种生物信息学工具和统计方法来挖掘数据中的有用信息,推 ...
155 次阅读|没有评论
[转载]项目文章:涡虫前后轴m6A动态变化的探索
陈明杰 2024-1-9 23:42
涡虫( Planarians )是扁形动物门( Platyhelminthes )涡虫纲( Turbellaria )的一类生物。它们大多是淡水生物,也有一些海水和湿润陆地环境中的种类。涡虫因其在实验室研究中显示出的非凡的再生能力而被广泛研究。 ...
421 次阅读|没有评论
微生信 -- 0代码科研绘图,助力发高分文章
陈明杰 2023-12-29 13:48
1 ,粘贴数据,一键出图 www.bioinformatics.com.cn 微生信云平台以 220 多款 在线绘图、分析模块为基础,致力于 0 代码在线分析数据, 0 代码在线绘制科研图片。让不会编写代码的科研工作者,贴贴数据,点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图,沉浸在数据分析和绘图所带来的便捷和喜悦中,助力发文章 ...
617 次阅读|没有评论
NCBI GEO王炸:GEO2R直接分析RNA-seq数据,几家欢喜几家愁?
陈明杰 2023-7-15 11:56
GEO2R 是 NCBI GEO 团队针对上传到 GEO 的芯片数据开发的一款在线差异分析、可视化作图工具,是广大数据分析人员的福音。然而,一直以来 GEO2R 仅针对芯片数据,对于越来越多的测序数据,只能下载所上传的 matrix 矩阵,进行分析,若没有上传表达矩阵,或者基因组版本不合适的话,往往还得下载原始数据重新分析,耗时耗力 ...
1333 次阅读|没有评论
微生信云平台注册用户突破100000
陈明杰 2023-7-2 00:04
微生信平台后台显示注册用户已突破 100000 。些许欣喜,些许担当。 1 ,粘贴数据,一键出图 微生信云平台以 200 多款在线绘图、分析模块为基础,致力于 0 代码在线分析数据, 0 代码在线绘制科研图片。让不会编写代码的科研工作者,贴贴数据,点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图,沉浸在数 ...
809 次阅读|没有评论
根据蛋白质序列,计算其分子量(molecular weight),在线工具,原理和python代码
陈明杰 2023-6-26 23:11
蛋白质分子量 蛋白质是由许多氨基酸残基通过肽键(一个氨基酸的 α- 羧基与另一个氨基酸的 α- 氨基脱水缩合形成的化学键)连接而成。蛋白质的分子量( molecular weight )为各个氨基酸的分子量之和,是蛋白质的重要理化参数。单位为 Dalton ( 道 尔顿,缩写 Da ,或 D ),定义为碳 12 原子质量 ...
2480 次阅读|没有评论
同样都是鸾尾花iris数据,为什么PCA图相反?
陈明杰 2023-6-20 11:23
PCA 简介 主成分分析( principle component analysis )是一种线性降维方法。它利用正交变换对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换,从而投影为一系列线性不相关变量的值,这些不相关变量称为主成分( Principal Components )。 PCA 是一种对数据进行简化分析的技术,可以有效地找出数据 ...
1040 次阅读|没有评论
为什么上传GEO前需要校验fastq文件正确性,并使用md5值验证文件完整性?
陈明杰 2023-3-5 10:58
GEO数据库 Gene Expression Omnibus ( GEO )是美国 NCBI 开发的一个大型综合数据库,它存储了超过 500 万个样品的芯片 / 测序原始数据文件。因为数据一般可公开获得且免费使用,所以 GEO 已经成为生物医学研究者最喜爱的网站之一。芯片或 / 和测序原始数据上传 GEO ,分配 GEO 号,以保证数据的 ...
1477 次阅读|没有评论
使用ChIPSeeker进行ChIP-seq, ATAC-seq,cut&tag等富集峰的基因组注释
陈明杰 2023-2-28 15:17
二代测序产生的数据类型 常规的下一代高通量测序( next generation sequencing, NGS )实验通常产生大量短片段 (reads) ,通常我们需要将这些 reads 比对到参考基因组 / 转录组上,即将它们置于生物学上有意义的基因背景下,才能获得有意义的结果。一般我们认为会产生两种类型的数据(当然两者并无严格意义 ...
2495 次阅读|没有评论
如何判断bam文件是单端还是双端?
陈明杰 2023-2-7 21:05
1,进入R,安装Rsamtools BiocManager::install(“Rsamtools”) 2,载入Rsamtools包 library(Rsamtools) 3,读取bam文件 testPairedEndBam(test.bam) 4,返回结果 若返回TRUE,则test.bam为双端;返回FALSE,则test.bam为单端 ...
1676 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-3-29 00:11

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部