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第二代测序技术原理精讲
刘树青 2022-11-25 18:57
(一) 文库(library)构建 1. 末端修复(3‘末端添加碱基A) 建库第一步是使用Taq聚合酶补齐不平的断裂末端,并在两个末端添加突出的碱基A,从而产生粘性末端(若使用Taq酶扩增,则无需末端修饰),产生粘性末端的片段可以添加接头(adaptor)。 2. &n ...
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QIIME 2教程之双端序列合并
刘树青 2022-11-24 15:21
Dada2方法要求的输入测序数据必须是已经拆分样本(类似qiime1裂库)的测序数据,这个测序数据也必须是带质量信息的。对于双端测序数据,不要提前拼接,有些人可能会考虑先拼接,再把拼接好的测序数据当做单端测序数据进行分析,但是这就违背了dada2的假设,dada2假设随着测序长度的增长,测序质量会稍微增加,后急剧下降 ...
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QIIME 2教程之Barcode拆分和去除引物
刘树青 2022-11-20 10:29
在数据量比较小的情况下,dada2 ( deblur ) 分析 的输入数据最好提前将 barcodes 和引物这些不想要的 adapters 切除,虽然 dada2 ( deblur )也能粗略切除 barcodes 和引物,但是做不到 cutadapt 插件那样精细。 【备注】 虽然 可在 dada2( deblur ) 步骤时设置合适的参数去除引物 ( 论坛里建议在使用 ...
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Git简明使用教程
刘树青 2022-11-13 21:37
(一)安装 conda install git (二)配置 git config --global user.name 你的用户名 git config --global user.email 你的邮箱 【补充】 在上传项目到远程仓库时,对于 http 是有大小限制的,有些特别大的文件是无法上传的,因此需要设置本地缓存大小。 ...
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sam/bam格式解读之Edit Distance编辑距离(NM tag)
刘树青 2022-11-8 00:05
sam 文档中对NM tag (编辑距离: 从字符串a变到字符串b,所需要的最少的操作步骤(插入,删除,更改)为两个字符串之间的编辑距离。) 举个栗子:两个字符串“eeba”和“abca”的编辑距离是多少? 根据定义,通过三个步骤:1.将e变为a 2.删除e 3.添加c,我们可以将“eeba”变为“abca”。 所以,“eeba”和 ...
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QIIME 2序列处理情况汇总详解
刘树青 2022-11-7 15:29
(一)物种组成成分之参考序列提取 命令:qiime feature-classifier extract-reads --help 参数解释: --p-f-primer --p-r-primer 上下游引物,提取扩增区域 注意引物方向5' - 3';下游引物不要使用反向互补引物序列 --p-trim-right 从3’端开始剪切。(Applied before ...
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QIIME 2教程之生成特征表和特征序列(案例二)
刘树青 2022-11-6 19:19
案例 二(其他fastq数据格式(单端数据)) (一) 样本元数据 在开始任何分析之前,熟悉元数据很重要。元数据 metadata.tsv 。 qiime metadata tabulate --m-input-file metadata.tsv --o-visualization metadata.qzv 【备注】#q2_type指令可以指定分类数据类型 ...
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QIIME 2教程之生成特征表和特征序列(案例一)
刘树青 2022-11-6 08:38
案例一(地球微生组计划(EMP)单端数据) 数据来源研究文章《Moving pictures of the human microbiome》在2011年发表于Genome Biology。(QIIME 2在五个时间点对来自两个人(subject-1,2)四个身体部位(gut (feces), mouth(tongue), and skin (left and right palms))的微生物组样本进行分析,只在第1个时间点使用抗 ...
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QIIME 2教程之物种组成分析
刘树青 2022-11-5 18:42
为什么要训练分类集? 因为不同实验的扩增区域不同,鉴定物种分类的精度不同,提前的训练可以让分类结果更准确。但目前ITS区域训练对结果准确性提高不大,可以不用训练。 (一)分类器(官方提供或者自己训练) 1.官方提供 https://docs.qiime2.org/2020.11/data-resources/ ,里面有Silva和G ...
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QIIME 2安装教程
刘树青 2022-11-5 12:14
主要以下步骤 第一步,安装Miniconda 自己根据自己的电脑系统选择对应版本进行安装即可。 第二步,安装qiime2 第三步,启动qiime2 激活工作环境 conda activate qiime2-2021.2 检查是否安装成功,弹出程序帮助即成功 qiime --help 【 参考 】 QIIME 2 ...
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