随着高通量测序的普及，数字基因表达谱（DGE）也走进了更多的实验室，用以代替传统的定量PCR。但目前测序市场上DGE的概念十分模糊不清，价格也参差不齐，导致很多研究者不知该如何选择，这里通过查阅一些文献，大概解释一下现在市面上新型的DGE产品与传统21bp DGE之间的差别，以供各位研究者参考。

数字基因表达谱（Digital Gene Expression Profiling，DGE），是基于高通量测序技术，研究某物种特定组织在特定状态下的基因表达情况。2009年Morrissy等^[1]在GenomeResearch上发表了使用NlaIII和MmeI双酶切的方法构建插入片段21bp的tag文库，被称做“传统21bp的DGE”。目前，随着建库测序成本的降低，DGE建库方便也从传统的21bp文库转向均一性更好的普通转录组文库。其优势比较见下：

传统的21bp DGE文库：

建库流程：传统的21bp DGE，建库基于酶切位点CATG，建库的时候先将mRNA反转为cDNA，再使用NlaIII和MmeI进行双酶切，构建插入片段21bp的文库，然后使用SE50 或 SE36测序。

图1 21bp的tag-seq文库构建流程^[1]

缺点：

1. mRNA先反转为cDNA，再酶切为短片段。由于mRNA的片段较长，并且存在二级结构，这种方法会影响反转录酶的活性，影响反转效率^[2]。

2. 酶切建库，基于的是cDNA上四碱基CATG的分布，这个分布情况是否均一，直接影响了建库的片段均一性。比如有些区域没有该酶切位点，那么建库的时候就不能被捕获，信息有所丢失。另外，这种建库方式其实最初是在人这一物种上验证，所以对于其他的物种，均一性情况并没有进行过评估^[1]。

3. 测序：如果构建21bp的tag文库，测序使用SE36 或者SE50，那么会有十多bp的碱基是adapter序列，这部分数据没有意义。

最新构建方法：（与构建转录组文库方法一致）

图2 随即打断的普通转录组构建流程

优势：

1. 纯化得到的mRNA，先进行打断，消除mRNA的二级结构，且短片段时，提高反转效率。

2. 文库构建针对全部的mRNA，不依赖于特定部位的酶切位点，提高建库均一性，没有CATG酶切位点的地方也能被测到。插入片段为200bp。

3. 测序：采用SE100/SE50测序，reads较长，对基因组mapping的时候更加准确。且全部碱基都可用于后续分析。

参考文献：

[1]AS Morrissy, RD Morin, A Delaney, et al. Lu X,et al. Next-generation tagsequencing for cancer gene   expression profiling. Genome Research, 2009, 19:1825-1835.

[2]Z Wang, M Gerstein and M Snyder. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics.Nature Reviews, 2009, 10:57-63.