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TE煮沸法快速获得可扩增DNA

已有 9166 次阅读 2017-12-1 09:20 |个人分类:文献推荐|系统分类:科研笔记|关键词:学者| 小麦, PCR, DNA, EDTA


非常感谢何老师的分享

近期sci-hub.cc不能访问了,大家可以试试下面的两个网址:

1、  https://scihub22266oqcxt.onion.link

2、  https://sci-hub.bz


TE煮沸法快速获得可扩增DNA

何华纲

近日盟主推送了“史上最快核酸提取方法,30秒内完成”,这里跟大家分享一下我们实验室使用的民间版DNA提取方法,发表论文时(Genetic,Physical and Comparative Mapping of the Powdery Mildew Resistance Gene Pm21 Originating from Dasypyrum villosum. Front. Plant Sci. 2017, doi:10.3389/fpls.2017.01914.)也没有好好考虑命名,为了交流方便,不妨叫作“TE煮沸法”,具体如下:

1、剪取1厘米左右叶片放入1.5ml离心管,玻璃棒手工研磨数下可至匀浆。

2、加入150微升TE(成分及浓度见原文),90度煮10分钟,释放DNA,同时灭活各类核酸酶。

310000rpm离心1分钟,可避免颗粒物对PCR的干扰,提高PCR稳定性;离心后无需倒管,直接取上清液作为PCR模板。

4PCR扩增时,根据提取液中EDTA的用量及模板用量,按比例增加Mg离子,消除EDTATaq酶活性的影响。

全过程花费时间:平均每个样品的处理时间差不多就是剪叶片编号所花时间。

在对簇毛麦Pm21进行遗传作图时,面临了着这样一个问题:Pm21所在染色体区域存在严重的交换抑制(大约1/20染色体片段的总遗传距离仅0.3cM)。想用一个超大的群体来解决,但小作坊里人手紧缺。问过公司,报价不低,于是狠下心来自己摸索DNA提取方法。刚开始,想用一个相对简单的方法来提取质量较好的DNA,但是方法再简单,有些步骤总不能少的,要过上万单株的群体,恐怕还是要得抑郁症。痛定思痛,改变观念,放低要求,不讲质量,只要释放出“可扩增DNA”就行,这样就有了“TE煮沸法”,完成了Pm21的精细定位。文中Figure2的多重PCR就是用这个方法做出来的。

“TE煮沸法”,除了高浓度的TE,不使用其他试剂,避免了试剂因素对后续PCR的干扰,至于提取液中过多的EDTA,在PCR体系里按比例多加Mg2+就可以了。整个提取过程是一管式的,无需倒管,减少了人工出错环节。获得的DNA粗提液相当稳定,在4度放置几个月后PCR照扩不误。“TE煮沸法”也同样适合于小麦、大麦、玉米、水稻等单子叶植物和拟南芥、油菜、番茄等双子叶植物。

“TE煮沸法”操作简单、快速,但主要还是基于人工磨样,后续或可结合磨样机实现自动化操作。此外,由于DNA完整性可能比较差(直接电泳是看不出条带的),做做分子标记没什么问题,但要用来克隆基因,还需慎重。


有需要的实验室可以试一试,同时也欢迎大家分享自己的学习和实验等的心得体会。想法不怕不成熟,就怕没想法。



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1 蔡小宁

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