0_based and 1_based (Sam file, Bam file and Bed file)

江纯阶 2019-4-11 00:27

0_based numbering: the initial element of a sequence is assigned the index 0; 1_based numbering: the initial element of a sequence is assigned the index 1; BAM/BED data are 0-based and SAM data are 1-based. An example shows below: The screenshot came from a sam file. ...

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Ensembl/Gencode数据库中基因注释统计

江纯阶 2018-12-18 09:14

现在基因组非编码区域的注释条数越来越多，那么究竟注释了多少非编码基因，多少假基因呢？ 这里仅以Gencode数据库中人类和老鼠的最新注释为例。在老鼠的注释信息中（Gencode M19），注释的基因数目总共为5.44万。其中蛋白编码基因大致是2.2万，lncRNA基因和假基因大致为1.3万。在人类的注释信息中（Gencode V29），注释的 ...

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利用liftOver进行不同版本的坐标转换

江纯阶 2018-12-15 10:43

Here I want to show how to convert coordinates from mm10 to mm9 based on command line. And you also can do this using the web interface at http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver The operating system in my computer is Ubuntu 18.10 (64-bit). Liftover usage: liftOver inpu ...

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[转载]CDS, Exon, intron, utr的定义

江纯阶 2018-12-15 05:50

参考连接： ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/FT_current.html CDS:codingsequence;sequenceofnucleotidesthatcorrespondswiththesequenceof aminoacidsinaprotein(locationincludes&nbs ...

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