下面所有软件都是免费的。

文献管理软件：Jabref
优点：其管理的数据库文件本身就是一个bib文件，这样在用Latex写文章的时候就可以直接调用了。
缺点：还没发现。
网址：http://jabref.sourceforge.net/
我还给它写了一个简短的教程:  Jabref教程

画图软件：Gnuplot
优点是：gnuplot 可以用脚本来画图。也就是说把一些常用的参数控制写到一个脚本文件里，这样就不用每次都设了，以后只需要简单的修改就可以了。还有运行脚本只需要一个命令，所以非常方便。
缺点：就是刚开学习是稍微麻烦点。
网址：http://www.gnuplot.info/
一个gnuplot的脚本

备份软件：FreeFileSync
这是我非常喜欢的一个备份，同步软件，并且是开源的。
网址：http://sourceforge.net/projects/freefilesync/

网络备份软件：Dropbox
可以把本地的文件同步到网上，写论文，尤其是毕业论文的时候非常的好，不用担心文件丢了。

文本编辑器，可以用来写程序：Notepad++
打开文本文件我全用它了。

记笔记的软件：Evernote
我现在正在用的免费的记笔记的软件，还可以同步到它自身的服务器上。