置顶 · 学习生物信息的第二好教程

2017-7-7 08:15

生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出 ...

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代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

陈同 2020-4-17 21:00

聚类可视化 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（ 典型医学设计实验GEO数 ...

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代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解

陈同 2020-4-17 20:59

两种整合方法详解 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（ 典型医学设计 ...

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14岁的男孩说想学生信，应该给予哪些指导？

陈同 2020-4-17 20:57

前言 随着高通量测序技术的发展，越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。现今大数据当道，生信分析也似乎是很多医学或生物科研工作者的一把剑， 上可问道 —分析实验数据发篇大文章， 下可修枝裁芽 — 处理日常数据来个小美化。而从理论到实践的 no error 总是“路漫漫其修远兮”。Mark Twain说： 出名要趁早，啥 ...

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代码分析 | 单细胞转录组质控详解

陈同 2020-4-17 20:45

前言 NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（ 典型医学设计实验GEO数据 ...

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来一场蛋白和小分子的风花雪月

陈同 2020-4-17 20:23

分子对接(Molecular Docking)理论 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。 分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。 ...

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这个床上工具挺不错！

陈同 2020-4-17 19:59

Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，本文列出自己学习其官方文档的几个点，对后面计算不同样品peak 相似性 的脚本做了下更新和调整，使用起来更为简单方便。 内容摘要 区域注释，如peak注释，peak分布分析，peak与调控元件交集等。 区域合并，如求算多样品peak合集，或合并重叠区域 区域互补，如得到 ...

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Cell|严景华/齐建勋首次发现新冠病毒进入细胞的详细分子细节

陈同 2020-4-17 19:46

由于新病例的迅速增加，2019年冠状病毒病（COVID-19）很快引起了全球关注。新型冠状病毒感染被认为是从动物传播的，到2020年1月，怀疑最初受感染的患者是通过人与人之间的传播感染了该病毒。截至2020年4月2日，全球报告了 854,640 例确诊的COVID-19和 43,938 例死亡人数。这些数字每天都会更新，而且预计还会进一步增加。 ...

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如果不是没有钱，谁想测3个重复？

陈同 2020-4-17 19:44

这篇文章上次发出后，有朋友留言说到底要测几个重复？其实也没有定论，有钱多多益善。只是需要知道 重复少时，发现的差异基因会有不少假阴性，获得不了结果时，可尝试加测一些，可获得更稳定的结果。 重复少时，抽样随机性大。如下图随机抽取 2 个生物重复获得的差异基因数目最多时是最少时的5倍以上；随机抽取3 ...

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软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

陈同 2020-3-30 21:30

NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ） 、ChIP-seq分析 （ ChIP-seq基本分析流程 ） 、单细胞测序分析 ( 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述） ) 、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数 ...

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