于人类微生物组

人体微生物群是所有与人体相关的微生物的集合。这些群落包括真核生物、古细菌、细菌、真菌和病毒。人体内细菌的平均数量是人类细胞的十倍，总共比人类基因组中的基因多1000个左右。然而，由于它们的体积很小，微生物只占我们身体质量的1%到3%。正常情况，这些微生物通常不但对我们无害，事实上，它们还是维持健康所必需的。这是几十万年来人类和微生物共同进化的结果。例如，它们产生某些我们身体必须的维生素，分解我们的食物来提取我们生存所需的营养，教会我们的免疫系统如何识别危险的入侵者，甚至产生有用的抗炎化合物来抵御其他致病微生物。越来越多的研究表明，我们微生物组的组成变化与许多疾病状态相关，这增加了操纵这些微生物群落用于治疗疾病的可能性。

人类微生物组项目

人类微生物组项目（HMP）由美国国家卫生研究院（NIH）共同基金从2007年到2016年提供支持的一个国家级科研项目。其任务是产生资源，使人类微生物组的综合特性和分析其在人类健康和疾病中的作用成为可能。

美国的共同基金计划是在5-10年内实现一系列高影响目标的战略投资。在每个项目结束时，可交付成果将过渡到其他来源的支持或使用更广泛的科学界。从2007年到2016年，HMP得到了共同基金的支持。自HMP成立以来，NIH对微生物组研究的非HMP投资增加了40多倍，覆盖了20多个NIH研究所和中心。

传统的微生物学一直把研究单个物种作为一个孤立的单元。然而，绝大多数微生物物种从来没有被成功地分离出来作为可行的样本进行分析，大概是因为它们的生长依赖于一个特定的微环境，而这个微环境没有或不能通过实验复制。21世纪中期，DNA测序技术的进步促进了一个新的研究领域的建立，称为宏基因组学，允许在不需要培养的情况下对微生物群落进行全面的检查。与在实验室中培养的单个细菌菌株的基因组不同，宏基因组方法检查的是从自然环境中取样的微生物群落中获得的基因组集合。宏基因组方法补充了已知分离菌株的基因组分析，为人类微生物群落的复杂性提供了前所未有的信息。

HMP1描述了在人体不同部位发现的微生物群落：鼻腔、口腔、皮肤、胃肠道和泌尿生殖道，并研究了这些微生物在人类健康和疾病中的作用。该项目的5个既定目标是

3000个分离微生物基因组序列参考集的建立。在整个项目过程中，从人体分离出的3055个基因组被测序到草稿或完整状态。阅读更多关于参考基因组测序工作的信息，包括元数据访问。

最初的16S&mWGS宏基因组研究，对每个身体部位的微生物群落的复杂性进行估计，为每个部位是否存在核心微生物群的问题提供初步答案。在5个主要体位（口腔、鼻腔、皮肤、胃肠道和泌尿生殖道）抽取300名年龄在18岁至40岁之间的健康成年人，共有15个或18个特定体位。受试者在一到三次访问中被抽样，总共超过11000个样本。阅读更多关于16S和宏基因组取样和测序工作的信息，包括元数据访问。

确定疾病与人类微生物组变化之间关系的示范项目。阅读更多关于资助的示范项目。

开发用于计算分析的新技术和工具，建立数据分析和协调中心（DACC）和资源库。阅读有关HMP1联盟使用的协议和工具的更多信息。

在人类微生物群的宏基因组分析的研究和应用中考虑的伦理、法律和社会影响（ELSI）的检查。阅读更多关于ELSI资助研究的信息。

HMP1是一个跨学科的工作，包括四个测序中心（贝勒医学院，华盛顿大学医学院，J.）。Craig Venter Institute），一个数据分析和协调中心（DACC），以及一些参与示范项目的独立研究人员，他们更密切地关注微生物组与人类健康和疾病之间的关联，工具和技术的发展，以及道德含义的识别。