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一个简单的Python脚本-用于计算核苷酸对的出现频率
2016-3-25 21:48
【目的】 统计核苷酸对在序列文件中出现的次数,统计标准是:在一条序列中,不管一个核苷酸对是出现一次,还是出现多次,均记为一次。最终输出的数字是含有该核苷酸对的序列数目; 【脚本】 【获取地址】 https://github.com/Ginsea/Some-python-scripts/blob/master/Code_freq.py 【最后】 本脚本为本人原创 ...
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一个简单的Python脚本-用于计算核苷酸对的出现频率
2016-3-25 21:46
【目的】 统计核苷酸对在序列文件中出现的次数,统计标准是:在一条序列中,不管一个核苷酸对是出现一次,还是出现多次,均记为一次。最终输出的数字是含有该核苷酸对的序列数目; 【脚本】 【获取地址】 https://github.com/Ginsea/Some-python-scripts/blob/master/Code_freq.py 【最后】 本脚本为本人原创 ...
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脚本推荐——Perl脚本将文件按行分成若干相近等分
2015-12-3 11:21
脚本下载: split-data.rar 脚本使用: perl split-data.pl --parts n target.txt n表示分成n等分,target.txt表示目标文件 参考地址: http://search.cpan.org/~tpederse/Text-NSP/bin/utils/deprecated/split-data.pl
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推荐一个fasta文件序列长度统计脚本——count_fasta.pl
2015-11-25 10:38
脚本名称:count_fasta.pl 使用方法:perl -i 100 fasta.fa 其中-i参数表示序列长度的间隔,100为默认值 fasta.fa。 为要统计的目标fasta文件 获取地址: http://wiki.bioinformatics.ucdavis.edu/index.php/Count_fasta.pl 感谢脚本作者的无私奉献!
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MySQL常见操作命令汇总
2015-11-18 08:56
MySQL常见操作命令汇总 1.查看所有的数据库 mysqlshow databases; 2. 创建数据库 mysqlcreate database databasename; 3. 删除数据库 mysqldrop database databasename; 4. 创建用户 mysqlCREATE USER ‘username’@‘host’IDENTIFIED BY ‘password’; 5.显示所有用户 mysqlSELECT DISTINC ...
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Python脚本推荐——将fasta格式转换为Phylip
2015-11-17 09:45
Python 脚本推荐——将fasta格式转换为Phylip格式 至于fasta格式和phylip格式具体的格式要求,网络上很容易查找得到相关的资料,这里就不过多赘述。其实网上也有很多关于序列文件格式的转换器,但是根据我个人的使用经验,大多数的转换结果都是经典的Phylip格式(序列名称只允许10个字符),而目前支持Phylip格式运算的的 ...
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推荐一个好用的Google Hosts更新地址——老D blog
2015-11-16 09:28
至于为何必须使用谷歌,这里不过多解释。这个博客是我持续关注且稳定更新,因此在这里推荐给大家。 http://laod.cn/hosts/2015-google...hosts.html 个人建议: 这是属于老D自己运行的博客,但是也提供了很多的方便,建议大家在经济允许的条件下可以适当的资助一下!个人建议而已!
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Python学习笔记——一个简单网络爬虫的编写以及对应模块的学习
2015-11-16 08:57
一个简单网络爬虫程序的编写以及对应模块的学习 前几日加班加点的在 传课网学完了智普教育 的Python入门教程。今天回过头来重新对一些重要的章节进行温习,现在就对While循环的应用实例——一个简单网络爬虫程序的编写进行简要的记录,以备后期温习。 程序内容及详细注释 程序内容 ************************* ...
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Python学习笔记——zip函数的使用
2015-11-14 16:45
Python学习笔记——zip函数的使用 声明:本博文纯是个人(Python新手)对自己学习Python的一个笔记与课后预习, 并未一个程序员老手的经验之谈 。所以在写作中难免很多疏漏甚至于简单的错误,若有大神恰巧路过,还望指正一二,本人感激不尽! zip函数接受任意多个列表的输入,返回一个以元 ...
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Unix文件处理——获得比对到目标数据库中的序列数目
2015-11-2 16:43
获得比对到目标数据库中的序列数目 在进行转录组注释分析时,需要对blast的结果进行简单的分析,从而得到注释到目标数据库中的转录本的数目。由于缺乏基本的计算机编程语言的编写能力,因此打算采用比较笨的办法对结果进行解读。首先将outfmt 6 的输出文件中的第一列提取出来,生成一个新的文件。并对此文件进行重 ...
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