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一个群落beta多样性分析的完整R脚本

已有 11794 次阅读 2019-7-10 09:13 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记|关键词:学者

本文给出Abbas S. et al. (2019)的完整R脚本,内容包括群落稀疏化曲线、beta多样性和指示种分析、mantel检验、NMDS非参数排序、空间关系的PCNM转换和前向筛选、方差分解等各种分析以及作图等,供感兴趣的同行参考。

本R脚本全部为本人编写,因群落数据本人无权公开,这里只公布R脚本。篇幅所限,部分数据分析段落有删节。如您有任何问题或者建议,请跟本人联系(微信 jinlongzhang01)。

因水平有限,脚本中难免出现错误,欢迎各位读者指正。

R脚本各部分内容如下:

  • 1 稀疏化曲线,用于比较个体数不同样方的物种丰富度

  • 2 Mantel检验两个距离矩阵的相关性是否显著

  • 3 指示种分析、PCNM、环境因子的前向筛选、物种组成的方差分解以及显著性检验

  • 4 betadisper检验beta多样性各组的离散度是否有统计差异,Mantel Correlogram展示距离矩阵相关的精细结构

  • 5 分析不同演替阶段生活型组成的变化

  • 6 提取丰富度最高的种

  • 7 NMDS分析,用以展示不同演替阶段样方物种组成相似性的关系


下载完整PDF文档 res.pdf。PDF文件中部分代码语句没有换行,造成显示不完整,关注本人微信公众号ecoinformatics(二维码见本文最后),直接查看html版本的代码。


参考文献:

  • Abbas, S., Nichol, J. E., Zhang, J., & Fischer, G. A. (2019). The accumulation of species and recovery of species composition along a 70-year succession in a tropical secondary forest. Ecological Indicators, 106, 105524. DOI:10.1016/j.ecolind.2019.105524








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1 许格希

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