编写一个计算种间关联的小程序是出于以下原因：

查阅了很多进行种间关联分析的论文，一直也没有提及用什么软件。 为此我觉得有必要编写一个程序包，用来进行群落数据的处理及种间关联度计算和绘图。

R当然成为首选，因为R是开源的，所有代码可见；同时又是免费的，不用注册，就可以使用R。

花费几天的时间，终于完成了。定名为spaa, 意为 species association analysis。可以在R的CRAN上下载

http://cran.r-project.org/web/packages/spaa/index.html

spaa中有如下几个函数：

data2mat 将物种列表转换为矩阵
freq.calc 计算物种频度
plot.lowertri 绘制半矩阵图
plot.network 绘制种间关联图 （有待进一步完善）
sp.assoc 计算种间总体关联性
sp.pair 计算物种两两之间的关联性
sub.sp.matrix 在总矩阵中，按照物种出现的频度筛选物种。