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从DNA序列预测RFLP—seqRFLP软件包简介

已有 6948 次阅读 2010-7-3 15:24 |个人分类:未分类|系统分类:科研笔记|关键词:学者| R语言, DNA, 酶切, RFLP

DNA序列预测RFLPTRFLP

seqRFLP软件包简介

丁琼 张金龙 中国科学院植物研究所

1. seqRFLP简介

RFLPTRFLP等技术在生物多样性研究中十分广泛。随着测序技术的日趋普及,在进行RFLPTRFLP之前,用户很可能已经获得了DNA序列。为了对RFLPTRFLP的结果进行更好的分析,特别是选择合适的内切酶,对模糊的电泳条带进行确认,基于RFLP/TRFLP及序列分别对物种进行鉴定等显得日趋重要,但是目前还缺乏这样一种已知序列就能获得RFLP/TRFLP的分析平台。为此我们编写了seqRFLP软件。

seqRFLP是用来对DNA序列进行模拟酶切、模拟PCR引物筛选的软件包,目前版本是1.0.0。用开源的R语言 (http://www.r-project.org/ )写成,可以在Linux, Windows MacOS等多种计算机平台上运行。seqRFLP已经被RCRAN接收,用户可以在R的任何一个镜像下载。本说明假设用户使用Windows其他平台用户的使用方法与之类似,均需先安装R软件。

2. seqRFLP的下载和安装

首先下载和安装R软件。建议选择较新的版本,如Windows: R-2.11.1,其下载地址之一为:

http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/windows/base/R-2.11.1-win32.exe

下载到本地后,双击R-2.11.1-win32.exe开始安装,各选项默认即可。安装完成后双击

开始>所有程序>R>R 2.11.1

输入命令:

install.packages("seqRFLP")

R将提示选择CRAN,选择距离较近的CRAN镜像,将软件包自动下载和安装好。

导入seqRFLP程序包:

library(seqRFLP)

3.查询seqRFLP的帮助

seqRFLP 的每个函数都有详细的帮助文件,要查询帮助可输入:

?seqRFLP 查看详尽的帮助手册:用户也可以在CRAN上下载pdf版本的帮助手册。

seqRFLP符合GPL-2协议,用户可以免费使用并拷贝该软件,也可以更改其源代码。

 

运行seqRFLP实例:

example(seqRFLP)

感谢马克平研究员、梁宇博士的指导,感博士研究生孙秀峰及龙恩熙对软件的测试,感谢软件包的编写有过帮助的研究组各同学老师。

参考文献

Saiki RK, Scharf S, Faloona F, Mullis KB, Erlich HA, Arnheim N (1985). Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science 230 (4723):1350-4

Roberts, R.J., Vincze, T., Posfai, J., Macelis, D. (2010) REBASE–a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes. Nucl. Acids Res. 38: D234-D236. http://rebase.neb.com

 



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