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Cygwin是Windows平台下的一套Unix/Linux模拟环境，为Windows用户提供了shell环境以及linux下的编译器如gcc及众多软件(Perl, Python,VIM, Emacs, Gedit等等)。

这里介绍如何用Cygwin编译分子钟校正的程序包r8s。

一 下载和安装Cygwin

http://www.cygwin.com/install.html

首先下载安装程序，一般选择在线安装。 注意 gcc，gfortran，g77]等编译器默认是不安装的，需要在安装的时候选择安装。安装完成后桌面就会出现Cygwin的快捷方式。双击这个快捷方式，会出现一个类似Linux终端（Terminal）

二 下载r8s的源代码

http://loco.biosci.arizona.edu/r8s/r8s1.71.dist.tar.Z

R8s的作者MikeSanderson提供了Linux和Mac的可执行程序，以及源代码。R8s是用Fortran和C写成的，需要用gcc和g77编译。Cygwin下给出了gcc和g77，只要在安装的时候选择安装即可。这里将r8s1.71.dist.tar.Z放到C:/test文件夹下。

三r8s的解压缩

   在cygwin的命令行输入 cd c:/test，即可将工作路径转移到该路径下，这与window下的bat文件，是一致的。Cygwin将windows下各盘均作为虚拟的路径。因此将会看到，路径变为 /cygdrive/c/test.

   输入命令 uncompress -r8s1.71.dist.tar.Ztar xvf r8s1.71.dist.tar在c:/test/下创建了一个名为r8s1.71的文件夹，文件夹下就是r8s的代码，包括bin：已经编译好的可执行文件；doc：说明文档； sample：练习数据；src：源代码。

我们要编译的r8s的源代码，在src文件夹中。因此，输入 cd r8s1.71

R8s提供了相应的Makefile,告诉gcc如何进行编译和连接，生成可执行的二进制代码。

接下来输入

make –f Makefile即可编译出windows下可执行的r8s文件。

2011年9月23日