从植物采集记录生成标本记录标签

热度 3 张金龙 2013-1-31 23:30

请参阅 http://blog.sciencenet.cn/blog-255662-849868.html https://github.com/helixcn/herblabel 使用 herblabel程序包生成植物标本采集标签。 早在2006年， 一起和同门的陈彬博士在云南出野外时， 陈博士就提供了一个打印植物采集标签的Excel小程序。 因为我当时完全不懂编程， 觉得很神 ...

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两棵进化树一致性的校对

张金龙 2012-12-5 22:58

两棵进化树一致性的校对 首先， 要保证获得的进化树是有根树， 设定好外类群，并且，分支出现的次序经过排序reorder，这可以在Figtree软件中， 对newick格式的进化树进行操作， export as currently displayed 即可。 其次， 用R软件ape程序包的 cophyloplot函数， 可以实现， 将两棵进化树面对面绘制， 并将名称相同的分 ...

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R绘图一则 （2017年1月9日修订）

热度 3 张金龙 2012-10-11 01:33

R绘图一则 （2017年1月9日修订） 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 这里给出R常见绘图用到的参数。供生成出版质量的TIFF图。 调整 R 绘图的字体，一页多图， 分辨率 600 dpi ， tiff ， 压缩方式 lzw tiff ( filename = test.tif , &nb ...

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LyX生成中文pdf文档

热度 2 张金龙 2012-8-22 17:01

Chinese Processing in LyX.pdf 下载 LyX生成中文 pdf 文档 张金龙 2012年8月21日 摘要 本文概述了用LyX编译中文文档的过程， 可以作为LyX中文入门的指南。 引言 LyX软件可以看做是LaTeX的前端。LaTeX则是学术领域应用很广的排版软件。计算机领域有大量的专业人士以及爱好者醉心 ...

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世界时与力学时之差：Delta T的计算

张金龙 2012-8-20 12:57

为了便于天文计算，需要使用均匀流逝的时间标尺， 这种时间系统最早称为历书时， 后来，由于天文计算均以力学规律为基础， 又改称力学时。 人们发现原子内电子的能级跃迁振荡频率非常均匀， 如铯133的共振频率为每秒9192631770周。遵循这一原理， 科学家制作出了原子钟，作为均匀的时间标尺。因此， 原子时又成为力学时的 ...

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How to compute phylobeta diversity indices?

热度 1 张金龙 2012-7-15 09:47

## Files required ## phylocom.exe ## phylomatic.exe ## davies_dated.new ## species.table.csv Format shown below: Family Genus Species Actinidiaceae Actinidia 1 Actinidiaceae Actinidia 2 Apiaceae Aegopodium 6 ... ## sample.csv 01 1 sp1 01 1 sp2 01 1 sp6 01 1 sp10 01 1 sp12 01 1 sp13 ... setw ...

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论文投稿用什么软件修改图片？（生态学）

热度 1 张金龙 2012-7-8 19:51

论文投稿用什么软件修改图片？ 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 学术期刊要求在投稿时， 一般要求矢量图(eps, pdf, svg等)或者高分辨率（600DPI以上）的栅格图(一般为TIFF)。 这里简要总结如下： 1 生成图片 绘制用散点图、柱状图、 折线图等，一般用R （免费）、GNUplot （免费）、Python（免费）、Matlab （需购买） ...

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R中的极大似然估计

热度 2 张金龙 2012-6-25 09:42

R中的极大似然估计 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 人们经常用样本(sample)来估计总体(population)的参数， 假定一个概率密度函数，如正态分布，并给出所有可能的参数组合，那么每一种参数组合所生成当前样本的可能性分别有多大？将最可能产生当前样本的参数，作为总体参数的估计，这就是极大似然(Maximum Likelihood) ...

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花粉传播有关的几个公式

张金龙 2012-6-23 06:40

$d_{j,k}=\sqrt{(x_{j}-x_{k})^2 +(y_{j}-y_{k})^2}$ $f(x, y; \delta, b)=\frac{ b\Gamma(3/b)}{2\pi\delta^2\Gamma(2/b)^3}e^{(\frac{\Gamma(3/b)d}{\Gamma(2/b)\delta})^2}$ $\pi_{r, jk}=\frac{F_{r,k}f(d_{jk}; \delta, b))}{\sum_{l:fathers}F_{r,l}f(d_{jl};\delta,b)}$ $L(g|alpha_{COV}, delta, b, ...

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