Putty退出后保持背景程序运行

热度 2 张金龙 2012-6-14 10:33

Putty退出后保持背景程序运行 Putty远程登录Linux，在putty会话窗口关闭后， 远程的命令也停止了执行， 如果想要命令继续执行， 则需要用screen程序。 方法如下： (1)用Putty登录服务器;用户名，密码 (2)输入screen, 给出帮助提示， 按空格跳过 (3)此时， 程序又回到命令提示符， 但是操作都将在screen中记录。 运 ...

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生态学主要刊物的RSS源 (20170509)

热度 1 张金龙 2012-6-8 05:52

RSS xml源文件 journals.opml 该文件为RSS源通用opml格式，可以导入Opera，也可以导入其他RSS浏览器如 Sharp reader ( http://sharpreader.net/ ), RSSOwl (http://www.rssowl.org/ )等 。 当有新文章上线时， RSS浏览器会提示。 包括的刊物有： RSS

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R读取Excel文件

张金龙 2012-5-18 03:06

R中现在一般用 openxlsx 程序包的 read.xlsx 或 write.xlsx 读写xlsx文件。 也可以使用readxl 程序包 的 read_excel() 函数读取 xlsx, xls文件。readxl 只能读取Excel文件，不能保存。 2018年2月20日更新

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MCMC中的Metropolis Hastings抽样法

热度 4 张金龙 2012-2-29 07:54

Metropolis Hastings抽样法示例 jinlongzhang01@gmail.com Metropolis Hasting（下面简称MH）是蒙特卡罗马尔科夫链中一种重要的抽样方法。本文简要介绍MH算法，并给出一个实例。 MH算法在参数空间随机取值，作为起始点。按照参数的概率分布生成随机的参数，按照这一系列参数的组合，计算当前点的概率密度。依据 ...

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将比对好的fasta序列转换成relaxed phylip格式

热度 2 张金龙 2012-1-18 12:10

在推断进化树的过程中,我们有时候希望phylip格式的文件能够将序列名称完整保留下来。这里就需要用relaxed phylip格式。 不过，通常情况下，如果序列名超过10字符，ClustalX和MUSCLE等软件给出的phylip文件会将名称截取到十个字符，也就是遵循传统的PHYLIP格式。 为了将比对好的FASTA文件直接转换为 relaxed phylip格 ...

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什么是bootstrap？

热度 6 张金龙 2011-12-30 00:00

Bootstrap又称自展法，是用小样本估计总体值的一种非参数方法，在进化和生态学研究中应用十分广泛。例如进化树分化节点的自展支持率等。 Bootstrap的思想，是生成一系列bootstrap伪样本，每个样本是初始数据有放回抽样。通过对伪样本的计算，获得统计量的分布。例如，要进行1000次bootstrap，求平均值的置信区间，可以对每 ...

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一个简单的马尔可夫链

热度 2 张金龙 2011-12-1 15:04

一个简单的马尔可夫链 在一个随机过程中，如果事件发生概率在t时刻所处的状态为已知时，它在t + 1时刻只与t时刻的状态有关，而与之前所处的状态无关，则称该过程具有马尔可夫性。 时间和状态都是离散的马尔可夫过程称为马尔可夫链。马尔可夫链在经济学，社会学，生命科学领域有着广泛的应用。这里举例说明。 例子： 姜 ...

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二项分布的对数似然面:算法与R语言实现

热度 1 张金龙 2011-11-19 00:47

二项分布的对数似然面 : 算法与R语言实现 jinlongzhang01@gmail.com 对数似然面是极大似然估计的结果之一，这里介绍在R语言中如何绘制对数似然面（Log Likelihood Surface）,这里用到的对数似然函数是二项分布的，对于泊松分布，正态分布，负二项分布等，只需对对数似然函数进行适当修改即可。 ...

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用R语言绘制似然面Likelihood Surface

热度 1 张金龙 2011-11-18 12:46

本文的目的，是直观表达极大似然估计。给出一组数，若用正态分布拟合，则其平均值和标准差最可能的取值是什么？ 极大似然面的顶点，就是最优估计。实际情况下，是对对数似然函数 Log Likelihood 取极值。这里只按照似然（ Likelihood ）的原始定义，直接求 Likelihood 。 like ...

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