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Putty退出后保持背景程序运行
热度 2 张金龙 2012-6-14 10:33
Putty退出后保持背景程序运行 Putty远程登录Linux,在putty会话窗口关闭后, 远程的命令也停止了执行, 如果想要命令继续执行, 则需要用screen程序。 方法如下: (1)用Putty登录服务器;用户名,密码 (2)输入screen, 给出帮助提示, 按空格跳过 (3)此时, 程序又回到命令提示符, 但是操作都将在screen中记录。 运 ...
个人分类: 科研笔记|20004 次阅读|4 个评论 热度 2
生态学主要刊物的RSS源 (20170509)
热度 1 张金龙 2012-6-8 05:52
生态学主要刊物的RSS源 (20170509)
RSS xml源文件 journals.opml 该文件为RSS源通用opml格式,可以导入Opera,也可以导入其他RSS浏览器如 Sharp reader ( http://sharpreader.net/ ), RSSOwl (http://www.rssowl.org/ )等 。 当有新文章上线时, RSS浏览器会提示。 包括的刊物有: RSS
个人分类: 科研笔记|5144 次阅读|2 个评论 热度 1
R读取Excel文件
张金龙 2012-5-18 03:06
R中现在一般用 openxlsx 程序包的 read.xlsx 或 write.xlsx 读写xlsx文件。 也可以使用readxl 程序包 的 read_excel() 函数读取 xlsx, xls文件。readxl 只能读取Excel文件,不能保存。 2018年2月20日更新
个人分类: 科研笔记|9076 次阅读|没有评论
MCMC中的Metropolis Hastings抽样法
热度 4 张金龙 2012-2-29 07:54
MCMC中的Metropolis Hastings抽样法
Metropolis Hastings抽样法示例 jinlongzhang01@gmail.com Metropolis Hasting(下面简称MH)是蒙特卡罗马尔科夫链中一种重要的抽样方法。本文简要介绍MH算法,并给出一个实例。 MH算法在参数空间随机取值,作为起始点。按照参数的概率分布生成随机的参数,按照这一系列参数的组合,计算当前点的概率密度。依据 ...
个人分类: 统计分析|30518 次阅读|5 个评论 热度 4
将比对好的fasta序列转换成relaxed phylip格式
热度 2 张金龙 2012-1-18 12:10
在推断进化树的过程中,我们有时候希望phylip格式的文件能够将序列名称完整保留下来。这里就需要用relaxed phylip格式。 不过,通常情况下,如果序列名超过10字符,ClustalX和MUSCLE等软件给出的phylip文件会将名称截取到十个字符,也就是遵循传统的PHYLIP格式。 为了将比对好的FASTA文件直接转换为 relaxed phylip格 ...
个人分类: 科研笔记|12394 次阅读|2 个评论 热度 2
什么是bootstrap?
热度 6 张金龙 2011-12-30 00:00
什么是bootstrap?
Bootstrap又称自展法,是用小样本估计总体值的一种非参数方法,在进化和生态学研究中应用十分广泛。例如进化树分化节点的自展支持率等。 Bootstrap的思想,是生成一系列bootstrap伪样本,每个样本是初始数据有放回抽样。通过对伪样本的计算,获得统计量的分布。例如,要进行1000次bootstrap,求平均值的置信区间,可以对每 ...
个人分类: 统计分析|45685 次阅读|9 个评论 热度 6
一个简单的马尔可夫链
热度 2 张金龙 2011-12-1 15:04
一个简单的马尔可夫链 在一个随机过程中,如果事件发生概率在t时刻所处的状态为已知时,它在t + 1时刻只与t时刻的状态有关,而与之前所处的状态无关,则称该过程具有马尔可夫性。 时间和状态都是离散的马尔可夫过程称为马尔可夫链。马尔可夫链在经济学,社会学,生命科学领域有着广泛的应用。这里举例说明。 例子: 姜 ...
个人分类: 统计分析|26535 次阅读|5 个评论 热度 2
二项分布的对数似然面:算法与R语言实现
热度 1 张金龙 2011-11-19 00:47
二项分布的对数似然面:算法与R语言实现
二项分布的对数似然面 : 算法与R语言实现 jinlongzhang01@gmail.com 对数似然面是极大似然估计的结果之一,这里介绍在R语言中如何绘制对数似然面(Log Likelihood Surface),这里用到的对数似然函数是二项分布的,对于泊松分布,正态分布,负二项分布等,只需对对数似然函数进行适当修改即可。 ...
个人分类: 统计分析|10926 次阅读|1 个评论 热度 1
用R语言绘制似然面Likelihood Surface
热度 1 张金龙 2011-11-18 12:46
用R语言绘制似然面Likelihood Surface
本文的目的,是直观表达极大似然估计。给出一组数,若用正态分布拟合,则其平均值和标准差最可能的取值是什么? 极大似然面的顶点,就是最优估计。实际情况下,是对对数似然函数 Log Likelihood 取极值。这里只按照似然( Likelihood )的原始定义,直接求 Likelihood 。 like ...
个人分类: 统计分析|9637 次阅读|1 个评论 热度 1

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