怎样运行Lagrange软件

热度 3 张金龙 2010-8-3 14:32

注意！ 运行Lagrange软件的指南随后贴出，现在的版本仅供参考。 How to run Lagrange in Windows XP "Lagrange is a Python package implementing likelihood models for geographic range evolution on phylogenetic trees, with methods for inferring rates of ...

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从DNA序列预测RFLP—seqRFLP软件包简介

张金龙 2010-7-3 15:24

从 DNA 序列预测 RFLP 和 TRFLP seq R FLP 软件包简介 丁琼 张金龙 中国科学院植物研究所 1. seq R FLP 简介 RFLP 和 TRFLP 等技术在生物多样性研究中十分广泛。随着测序技术的日趋普及，在进行 RFLP 或 TRFLP 之前，用户很可能已经获得了 DNA 序 ...

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计算种间关联度(种间连接)的spaa程序包

热度 4 张金龙 2010-5-18 19:37

编写一个计算种间关联的小程序是出于以下原因： 查阅了很多进行种间关联分析的论文，一直也没有提及用什么软件。 为此我觉得有必要编写一个程序包，用来进行群落数据的处理及种间关联度计算和绘图。 R当然成为首选，因为R是开源的，所有代码可见；同时又是免费的，不用注册，就可以使用R。 花费几天的时间，终于完成 ...

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R软件中如何进行群落聚类分析？

热度 5 张金龙 2010-4-8 13:55

群落按照物种相似形组成进行聚类分析，可以用树状图较好的表现物种的组成关系。受到很多植被学家的重视。这里以R软件实现聚类分析为例。 如果按照物种组成的相似性做聚类分析，那么可以用Jaccard指数（经过转换的）。Jaccard指数只考虑物种在两个样方间是否重复出现，盖度在分析的过程中并不起什么作用。但是如果 ...

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R软件计算生物多样性指数

热度 13 张金龙 2010-4-8 13:52

生物多样性指数的计算在R中计算十分简单，这里介绍一下用vegan包计算生物多样性指数的方法。 首先要将R软件和用到的程序包安装好。在数据处理和格式转换过程中，需要用到openxlsx、reshape2和vegan包。如果没有安装这几个程序包，就在R console中输入以下命令安装。 install.packages('reshape2') install.pack ...

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物种分布随气候的变化:BIOMOD使用指南

张金龙 2010-3-27 16:39

BIOMOD 是 R 软件的一个程序包，是 BIOdiversity MODelling 的缩写，主要用来模型物种分布区及其随气候的变化。该软件是 Wilfried Thuiller 等三位学者 在法国蒙彼利埃 CNRS 功能与进化生态学中心开发的。 W. Thuiller 是活跃在学术一线的年轻科学家，其发表的学术论文具有较大影响。 BIOMOD 程 ...

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报告:《从序列到分化时间——进化树与分子钟》

热度 1 张金龙 2010-3-26 15:34

这是2010年1月，本人在研究组所做的报告之一，内容为依据DNA序列构建进化树的原理与方法，并依据进化树进行分子钟估算。 包括： 1.在GenBank上下载DNA序列 2.在ClustalX中进行DNA序列比对，及其注意事项 3.DNA 碱基替换模型及其筛选，ModelTest软件的原理 4.进化树的构建的原理 介绍了距离法，极大似然法，最大简约法和贝 ...

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PAUP*软件简明指南

热度 4 张金龙 2010-3-26 00:14

PAUP* 软件简明指南 PAUP* 全称Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods)是美国佛罗里达大学的David Swofford博士编写的，是用最大简约法建立进化树最重要的软件，同时与ModelTest软件一起，是进化模型筛选等的必备软件，也可以进行如极大似然法建树及其他分析 ...

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用RAxML构建极大似然进化树

热度 1 张金龙 2010-3-24 21:28

用 RAxML 构建极大似然进化树 RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一，可以处理超大规模的序列数据，包括上千至上万个物种，几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的 A. Stamatak 博士。 性能在一定程度上超越了PHYML,GARLI等著名软件，由于算法的优势， ...

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