植物生物多样性、进化和地理学主要学术刊物（20190712）

热度 1 张金龙 2019-7-12 14:45

Ecography Group QQ群(197089594)和Ecography Group微信群整理 2019年7月12日 更新 刊名 网址 Advances in Botanical Research https://www.sciencedirect.com/bookseries/advances-in-botanical-research American Journal of Botany https://bsapubs.onlinelibrary.wiley.com/journal/1 ...

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一个群落beta多样性分析的完整R脚本

热度 2 张金龙 2019-7-10 09:13

本文给出Abbas S. et al. (2019)的完整R脚本，内容包括群落稀疏化曲线、beta多样性和指示种分析、mantel检验、NMDS非参数排序、空间关系的PCNM转换和前向筛选、方差分解等各种分析以及作图等，供感兴趣的同行参考。 本R脚本全部为本人编写， 因群落数据本人无权公开，这里只公布R脚本。篇幅所限，部分数据分析段落有删 ...

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herblabel 0.9.2 整合《中国生物物种名录2019》的植物接受名

张金龙 2019-6-18 11:33

用于打印植物标本标签的herblabel程序包（张金龙等（2016））已经升级到0.9.2，以下是一些新特性： 1. 整合了《中国生物物种名录2019》（ http://www.sp2000.org.cn/2019 ）中植物的接受名及对应的中文名，放入新增的数据集colcn2019中。该数据集中大约有100个左右的中文名对应两个接受的学名，使用时请注意。 2. 加 ...

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QGIS3 创建包含多边形的shape文件

张金龙 2019-3-29 10:47

QGIS是非常优秀的GIS软件。因为是开源软件，程序包中所有的工具都可以免费使用。下面简要介绍用QGIS怎样创建一个ESRI shape文件。 Shape文件是GIS的通用格式，各种空间处理软件，包括R、Python等的空间处理以及绘图都会用到它。 QGIS的下载和安装，参见 https://www.qgis.org/en/site/ 。 要创建包含 ...

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数据整理中怎样去掉各组的异常值？

热度 1 张金龙 2019-2-21 10:18

假设500人中有男女若干，现要比较饭前(before)和饭后(after)某生理指标的变化。由于数据誊写错误，测量指标中出现了一些异常值(outlier)。 问，如果 按照性别以及饭前饭后分组， 怎样去掉各组内的异常值？ 思路：先定义识别和转换异常值的函数, 将一个向量中的异常值转换为NA。 再用dplyr程序包将该函数应用于各组数据。 ...

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那些生态学可能会用到的工具软件

张金龙 2018-12-30 14:14

本文列出部分工具软件，涵盖论文写作、 排版、图片编辑、编程、文件管理、数据整理等方面，以开源软件为主，供感兴趣的老师同学参考。 文献检索 SciHub https://sci-hub.tw/ 其实本来是个网站，可根据文档的DOI获取 PDF 全文。不过由于该网站经常不能访问，国内有高手开发了单机版，所以这里列出来： ...

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