生态学和进化的重要链接EcoEvoLinks

热度 1 张金龙 2016-6-7 00:44

网址 https://github.com/helixcn/EcoEvoLinks Journals Research Groups/Network Macroecology and Biogeography Biodiversity and Global Change Lab Phylogenetic Comparative Methods ans Evolutionary Ecology Biodiversity and the determinants Theoretical Ecology Funct ...

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R系统发育比较分析快速参考V1.0.1

热度 2 张金龙 2016-5-30 01:03

R语言系统发育比较分析快速参考V1.0.1 R_phylogenetics_Reference.zip Latex 源代码和PDF最新版本参见 https://github.com/helixcn/R_phylo_refcard

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在R中绘制进化树：ggtree学习笔记

热度 1 张金龙 2016-4-10 23:21

在R中绘制进化树：ggtree学习笔记 ggtree （https://guangchuangyu.github.io/software/ggtree/）是香港大学余光创博士编写的R程序包。ggtree是ggplot2程序包的扩展 (http://www.ggplot2-exts.org/)，能够像ggplot2一样，用图层化的语法绘制进化树。这与APE用参数控制绘图明显不同。与ggplot2一样，在ggtree中，通过不 ...

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克里格空间插值Kriging及其在R的实现

热度 2 张金龙 2016-3-23 01:09

克里格是一种空间插值的方法. 克里格插值, 是法国地统计学家 Georges Matheron ( 1930 - 2000 ) 基于南非工程师 Danie G. Krige ( 1919 - 2013 ) 的硕士论文发展起来的方法. D. Krige 硕士论文研究的问题是如何根据金矿探测点的含金量推断含金量在空间上的变化. 所谓空间插值, 就是通过一些列具 ...

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sqlite3 简明指南

张金龙 2015-11-6 00:04

sqlite3 是运行SQL语言的小型数据库软件,有着广泛的应用。本文是学习笔记，原文请参考 http://zetcode.com/db/sqlite/ --下载: https://www.sqlite.org/download.html --开启数据库, 在terminal输入: sqlite3 test.db -- 开启帮助 .help -- 读取 sql 脚本 .read friends.sql ...

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一个简单的Taxon Parser：将输入的字符串按照属种作者分开

热度 1 张金龙 2015-9-24 12:44

处理生物学名时经常需要将学名按照意义分成几个部分， 如 1 GENUS 属名 2 SPECIES 种加词 3 AUTHOR_OF_SPECIES ...

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Linux 使用Geany编写并调试R脚本

张金龙 2015-5-23 09:53

Linux 使用Geany编写并调试R脚本 Geany是Linux下的一个文本编辑器， 十分简洁高效。 带有多种编程语言的高亮， 对于需要编译的语言如 C， C++， Fotran等， Geany提供了编译以及调试的平台。 用户可以直接写代码， 然后编译成可执行文件。 而Geany也可以用来编辑R， python等脚本语言， 并且， 通过简单的设定， 即可将 ...

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herblabel R程序包打印植物标本标签 (2017年1月9日更新)

张金龙 2014-12-10 11:57

herblabel R程序包打印植物标本标签 (2017年1月9日更新) 关于herblabel 程序包的介绍， 请参考 http://www.biodiversity-science.net/CN/abstract/abstract10290.shtml 程序包下载 herblabel安装文件.zip 以及使用说明 用herblabel打印植物标本标签和鉴定标签 1 安装R软件 http://www.r-pr ...

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一个简单的线性插值问题

张金龙 2014-7-17 10:55

一个简单的插值问题 jinlongzhang01@gmail.com 举例： 一个均匀的坐标轴上，x取0.5时，y为0.7， x取11.5时，y为13.9，问x取6.1时， y的值。 该题为插值问题，可以用线性插值公式解决： 参见： http://zh.wikipedia.org/wiki/%E7%BA%BF%E6%80%A7%E6%8F%92%E5%80%BC 该公式其实也可以通过解一元二次方程来推 ...

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