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skyatlas:用R绘制星图和行星的周年视运动
张金龙 2010-9-6 00:05
skyatlas:用R绘制星图和行星的周年视运动 潮 俊 在一些天文期刊上经常看到赤道坐标星图,不但给出了某一个时刻太阳、月亮的位置,还给出了大行星在一年中相对于星空背景的运行轨迹。今天我们就用R软件绘制这样的星图。 当然,为了绘制星图,我们需要知道恒星的位置和亮度。这就需要引入天文 ...
个人分类: 科研笔记|7806 次阅读|没有评论
计算生态位宽度与生态位重叠的R程序
张金龙 2010-8-9 01:18
生态位理论是解释生物多样性格局和物种共存的重要理论之一。每个物种对生境的偏好,就确定了其生态位。从1910年至1980年以前,国外生态学家对物种生态位的计算等生态位的宽度和计算进行了大量研究,主要的计算方法都是那时候提出的。从上世纪80年代到现在,我国的生态学界仍然能见到一些计算物种生态位宽度和生态位重叠的 ...
个人分类: 科研笔记|20945 次阅读|2 个评论
怎样运行Lagrange软件
热度 3 张金龙 2010-8-3 14:32
注意! 运行Lagrange软件的指南随后贴出,现在的版本仅供参考。 How to run Lagrange in Windows XP "Lagrange is a Python package implementing likelihood models for geographic range evolution on phylogenetic trees, with methods for inferring rates of ...
个人分类: 科研笔记|7388 次阅读|5 个评论 热度 3
计算种间关联度(种间连接)的spaa程序包
热度 4 张金龙 2010-5-18 19:37
编写一个计算种间关联的小程序是出于以下原因: 查阅了很多进行种间关联分析的论文,一直也没有提及用什么软件。 为此我觉得有必要编写一个程序包,用来进行群落数据的处理及种间关联度计算和绘图。 R当然成为首选,因为R是开源的,所有代码可见;同时又是免费的,不用注册,就可以使用R。 花费几天的时间,终于完成 ...
个人分类: 科研笔记|13237 次阅读|4 个评论 热度 4
R软件中如何进行群落聚类分析?
热度 5 张金龙 2010-4-8 13:55
群落按照物种相似形组成进行聚类分析,可以用树状图较好的表现物种的组成关系。受到很多植被学家的重视。这里以R软件实现聚类分析为例。 如果按照物种组成的相似性做聚类分析,那么可以用Jaccard指数(经过转换的)。Jaccard指数只考虑物种在两个样方间是否重复出现,盖度在分析的过程中并不起什么作用。但是如果 ...
个人分类: 科研笔记|19831 次阅读|5 个评论 热度 5
R软件计算生物多样性指数
热度 13 张金龙 2010-4-8 13:52
生物多样性指数的计算在R中计算十分简单,这里介绍一下用vegan包计算生物多样性指数的方法。 首先要将R软件和用到的程序包安装好。在数据处理和格式转换过程中,需要用到openxlsx、reshape2和vegan包。如果没有安装这几个程序包,就在R console中输入以下命令安装。 install.packages('reshape2') install.pack ...
个人分类: 科研笔记|48077 次阅读|32 个评论 热度 13
物种分布随气候的变化:BIOMOD使用指南
张金龙 2010-3-27 16:39
BIOMOD 是 R 软件的一个程序包,是 BIOdiversity MODelling 的缩写,主要用来模型物种分布区及其随气候的变化。该软件是 Wilfried Thuiller 等三位学者 在法国蒙彼利埃 CNRS 功能与进化生态学中心开发的。 W. Thuiller 是活跃在学术一线的年轻科学家,其发表的学术论文具有较大影响。 BIOMOD 程 ...
个人分类: 科研笔记|7502 次阅读|没有评论
报告:《从序列到分化时间——进化树与分子钟》
热度 1 张金龙 2010-3-26 15:34
这是2010年1月,本人在研究组所做的报告之一,内容为依据DNA序列构建进化树的原理与方法,并依据进化树进行分子钟估算。 包括: 1.在GenBank上下载DNA序列 2.在ClustalX中进行DNA序列比对,及其注意事项 3.DNA 碱基替换模型及其筛选,ModelTest软件的原理 4.进化树的构建的原理 介绍了距离法,极大似然法,最大简约法和贝 ...
个人分类: 科研笔记|15303 次阅读|3 个评论 热度 1
PAUP*软件简明指南
热度 4 张金龙 2010-3-26 00:14
PAUP* 软件简明指南 PAUP* 全称Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods)是美国佛罗里达大学的David Swofford博士编写的,是用最大简约法建立进化树最重要的软件,同时与ModelTest软件一起,是进化模型筛选等的必备软件,也可以进行如极大似然法建树及其他分析 ...
个人分类: 科研笔记|16291 次阅读|6 个评论 热度 4

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