GGE Biplot 双标图如何看？

邓飞 2019-7-31 20:17

0. GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时， 分解的是G+GbyE，然后根据PC1和PC2作双标图，称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图形1 单纯的将PC1和PC2投射到双标图中，标清楚品种和地点。 1.2 环境间的关系 从中心到各个环境做一条线段，主要是评价环境的区分性和相似性。 两环境 ...

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AMMI模型怎么看？

邓飞 2019-7-31 20:13

0. AMMI模型定义 AMMI的全称：效可加互作可乘（Additive main multiplicative interaction, AMMI）。 AMMI通过从加性模型的残差中分离模型误差和干扰，提高估计的准确度。并且借助于双标图可以更直观的描述和分析基因型与环境互作模式。 公式： 1. 主成分意义 参考： https://www.slideshare.net/Balaji ...

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R语言中dcast 和 melt的使用

邓飞 2019-7-23 22:16

1. 图片说明 2. 例子 示例数据： set.seed(123) dat = data.frame(ID = paste0(ID_,1:10),y1 = rnorm(10),y2=rnorm(10),y3=rnorm(10),y4 = rnorm(10)) dat 结果 dat ID y1 y2 &nb ...

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R语言如何绘制小提琴图violin plot

邓飞 2019-7-23 22:13

1. 安装vioplot软件包 install.packages(vioplot) 2. 测试数据 生成一段随机数的数据框 dat = data.frame(y = rnorm(1000)) 绘制小提琴图 library(vioplot) vioplot(dat$y) 关注我 公众号：育种数据分析之放飞自我 ID： R-breeding ​

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asreml 设定初始值 固定初始值

邓飞 2019-7-23 21:58

1. 背景 一个朋友问我，如何固定asreml的初始值，现在分为单性状和多性状进行说明。 为何要固定初始值： 1，由于群体较小，估算的方差组分不准确，需要手动设定初始值，直接进行求解 2，有些群体数据，估算方差组分不收敛，需要手动固定初始值 为何要设定初始值： 1，从头进行估算，模型运行时间较长，根据先验信 ...

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学习Julia与弯道超车

邓飞 2019-7-21 22:04

1. Julia是什么？ Julia 是一个面向科学计算的高性能动态高级程序设计语言。其语法与其他科学计算语言相似。他们想要的是一个开源的软件，它要像C语言一般快速而有拥有如同Ruby的动态性；要具有Lisp般真正的同像性（Homoiconicity）而又有Matlab般熟悉的数学记号；要像Python般通用、像R般在统计分 ...

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R 语言中的汇总统计：如何批量计算不同因素不同水平的平均值

邓飞 2019-7-16 07:40

参考 https://stackoverflow.com/questions/12478943/how-to-group-data-table-by-multiple-columns 实际工作中，我们需要对数据进行平均值计算，这里我比较了 aggregate 和 data.table 的方法，测试主要包括： 1，对数据yield计算平均值 2，计算N不同水平的平均值 3， 计算N和P不同水平的平均值 1. 常规方法a ...

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矩阵计算中直和和直积的概念

邓飞 2019-7-12 09:16

概念解释 解释：直和（Direct sum）和直积（Direct product）是混合线性模型中经常用到的概念，下面用具体例子介绍直积和直和是如何通过R语言计算的。 比如下图中，D为2 * 2 的矩阵，F为2 * 2 的矩阵，那么直和就是讲D和F作为对角线，非对角线为0，构成一个4 * 4的矩阵。直积D的每个元素分别和F矩阵相乘 ...

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如何批量提取网页上的链接

邓飞 2019-6-8 15:34

如何批量提取网页上的链接? 比如打开淘宝, 想把里面所有的商品链接提取出来, 应该怎么操作? 1. 打开淘宝 https://world.taobao.com/ 2. 打开google插件:Link Grabber 3. 打开右上角Link Grabber快捷键 会显示提取的链接, 复制即可. 可以看出, 改页面共提取1089个链接, 可以根据商品的前缀, 进行筛选. 4. ...

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