育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

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Rstudio连接不上R语言常用解决方案
2023-1-27 12:24
Rstudio链接不上R语言,默认情况下是不应该发生的,既然发生了,肯定是有些条件没有满足,如果将下面几个条件都满足,应该可以解决这个问题。 1. R和Rstudio安装路径为中文 虽然R和Rstudio支持中文,但是如果安装路径中有中文,很可能R语言安装有问题导致Rstudio找不到R语言,或者安装不上很多R 包。 比如路径: D ...
个人分类: R语言|3866 次阅读|没有评论
R语言行筛选的方法--filter
2022-8-8 08:51
之前写过一篇 R语言列筛选的方法--select ,这里介绍一下行筛选的方法。 下面介绍一下R语言中行筛选的方法,主要介绍filter函数 1. 数据 这里,使用asreml分析中的BLUP值为例,相关的模型为: m1=asreml(Phen~G,random=~vm(Progeny,ainv)+&nbs ...
个人分类: R语言|12051 次阅读|没有评论
遗传力计算 | 1,随机区组RCBD计算广义遗传力
2022-3-8 19:29
遗传力计算 | 1,随机区组RCBD计算广义遗传力 之前写过几篇博客,介绍植物育种数据中,如何计算广义遗传力,本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统,就是包括:数据,代码,结果解读和重演。确保看到即学到,学到能用到。 「系列内容:」 1,随机区组RCBD计算广义遗传力 2,一年多点随机区组计算广义遗传 ...
个人分类: 农学统计|5534 次阅读|没有评论
计算群体GWAS分析所需要的最少SNP个数
2022-2-8 20:54
GWAS和GS分析中,都有一个假定: 「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL(基因)处于连锁不平衡状态(LD)」 ,那怎么满足这个条件呢,就需要覆盖全基因组的标记,需要计算群体LD的衰减距离,进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。 公式 所需最小标记量基因组大小衰减距离 举例 现在求出 ...
个人分类: 农学统计|5514 次阅读|没有评论
BLUP育种值如何计算准确性
2022-2-7 20:38
大家好,我是飞哥。 「育种值的准确性是什么呢?为何要计算育种值的准确性呢?」 育种值的准确性的大小可以反应育种值计算的准确性如何,如果准确性高,就说明计算育种值时依赖的信息多(比如亲子关系、同胞关系等),结果就可靠。 ❝ 育种值也可以计算可靠性,它是准确性的平方 ❞ 另外,对于不 ...
个人分类: 农学统计|7868 次阅读|没有评论
R语言如何筛选数据框中的列--select
2022-1-20 19:42
大家好,我是飞哥呀。 我们知道,R语言学习,80%的时间都是在清洗数据,而选择合适的数据进行分析和处理也至关重要,如何选择合适的列进行分析,你知道几种方法? 如何优雅高效的选择合适的列,让我们一起来看一下吧。 1. 数据描述 数据来源是我编写的R包 learnasreml 中的 fm 数据集。 r$library(le ...
个人分类: R语言|20324 次阅读|没有评论
GCTA学习8 | 计算多性状遗传力和遗传相关
2022-1-20 19:41
。前面的几节中,我们介绍了GCTA计算G矩阵,和单性状遗传力的计算,它本质上就是GBLUP的估计,但是速度快很多。本节我们介绍,两性状遗传力和遗传相关的计算。 1. GCTA计算两性状遗传相关常用参数 1.1 --reml-bivar(必须) 这部分,是使用reml的方法进行估计方差组分。默认的是AI算法,可以使用EM算法。 ...
个人分类: GWAS|4378 次阅读|没有评论
GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误
2022-1-18 21:12
前面的几节中(请翻看博客之前的博文),我们介绍了GCTA计算G矩阵,本节我们介绍,如果使用GCTA进行遗传力的估计。 1. GCTA计算单性状遗传力常用参数 1.1 --reml(必须) 这部分,是使用reml的方法进行估计方差组分。默认的是AI算法,可以使用EM算法。 1.2 --reml-alg 指定迭代方法(非必须) ...
个人分类: GWAS|4634 次阅读|没有评论
GCTA学习5 | GCTA计算PCA及可视化
2022-1-17 19:02
GCTA计算PCA时,要两步走: 第一步:构建kinship矩阵(有两种方法) 第一种:Yang的方法 --make-grm 0 第二种:Van的方法 --make-grm-alg 1 第二步:PCA计算 1. GCTA构建kinship的方法 使用 --make-grm-alg 进行设置,0位Yang的方法,1位Van的方法。 「Yang的方法:」 GRM = sum{ / }/N ...
个人分类: GWAS|3394 次阅读|没有评论
GCTA学习6 | GCTA计算GRM矩阵(kinship矩阵)
2022-1-17 19:00
GRM矩阵,全称:genetic relationship matrix (GRM)。 GCTA计算GRM有两种方法 默认的Yang,--make-grm-alg 0 Van的方法:--make-grm-alg 1 GCTA计算GRM有两种形式 默认的二进制形式:--make-grm,或者 --make-grm-bin 文本格式(三元组):--make-grm-gz 1. GCTA计算GRM:二进制 下面这两个命 ...
个人分类: GWAS|3112 次阅读|没有评论

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