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范欢
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教育情况:中国科学院西双版纳热带植物园,博士
研究领域:生命科学
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2015 Cell Host & Microbe: Microbiota and Host Nutrition

Microbiota and Host Nutrition across Plant and Animal Kingdoms 意不意外,惊不惊喜,动植物微生物组拉通整! Plants and animals each have evolved specialized organs dedicated to nutrient acquisition, 植物和动物分别进化出特有的器官专门用于营养的摄取, and these harbor specific bac ...
2022-7-12 21:23

版纳园动植物关系组:胡蜂帮助土沉香快速传播种子

Plant-defense mimicry facilitates rapid dispersal of short-lived seeds by hornets Abstract Rates of seed dispersal have rarely been considered important. 种子散布中速度的重要性很少有人研究。(rate可以有很多种意思,从下一句的rapid可以看出这里是说速度而不是概率)。 Here, we demonstrate th ...
2022-7-11 16:41

版纳植物园古生态组:青藏高原带刺植物

Rapid Eocene diversification of spiny plants in subtropical woodlands of central Tibet Eocene(始新世): The Eocene Epoch is a geological epoch that lasted from about 56 to 33.9 million years ago (mya). It is the second epoch of the Paleogene Period (古近纪) in the modern Cenozoi ...
2022-7-6 18:23

homologs, orthologs 和 paralogs,傻傻分不清楚?

小时候中央六放过一个国产动画,讲古博士和杜博士发现但不认识苍蝇,认为是一个新物种,命名为 “古普斯·杜勃斯·希里渥图斯” 。小朋友一听:古博士,杜博士,稀里糊涂死。名词术语,自然有其存在的道理,所谓名不正则言不顺。但有些术语确实是大同行看了沉默,小同行看了流泪。比如Homologs, orthologs, paralogs这三个 ...
2021-6-24 21:14

长大后我就成了root - Docker入门

​Docker类似(但不是)虚拟机,能为某一个/一系列软件构建一个自己的宇宙/环境,让不同的软件之间不用相互影响,为用户解决所需下级软件/包/库的版本依赖。 现在很多软件都提供了Docker的安装方式。 现以基因预测软件augustus(https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus)为例,介绍其使用方法。 首先保证 ...
2021-6-14 15:23

宏基因组序列的抗菌潜力预测

本文收到了刘尧老师(公众号:生信小白鱼)《 列举一些次级代谢物基因簇相关的数据库 》一文的很多益处,在此感谢。 此次要完成的任务是根据宏基因组序列预测这个群落的抗菌潜力。 输入:宏基因组clean reads 输出:antimicrobial potencial prediction (如何量化待定) 之前的工作涉及细菌的全基因组测序和功能 ...
2020-10-14 11:10

Rosalind-CONS-String Algorithms

题目( 点我 )很好理解,难点在于python擅长行计算而不是列计算,需要一些额外的循环和存储。我的无脑解法为: fromBioimportSeqIO fromcollectionsimportCounter,OrderedDict importoperator defcons(file): #用biopython里面的SeqIO模块帮助读入fas ...
2019-10-8 22:09

Nature这样总结这篇关于同性行为的遗传基础的Science文章

新一期的Nature新闻板块有这样一则新闻 ,标题是: No ‘gay gene’: Massive study homes in on genetic basis of human sexuality 我第一个反应是,哦天,是说有实锤同性恋不是由遗传决定的吗? 副标题是这样写的: Nearly half a million genomes reveal five DNA markers associated with sexual ...
2019-9-25 22:08

Rosalind - IPRB - Heridity

解此题的关键在于这是一个没有放回的抽取,不然例子里50%的显性基因应该无脑得出0.75的显性特征而不是匪夷所思的0.78333 显性特征的情况太多,采取显性 = 1-隐性特征,并按题目中的树形图思路列出可能: 先抽aa再抽aa, 100%得aa: n_n_aa=n/(k+m+n)*(n-&nb ...
2019-9-18 09:24
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