#对表达量热图进行分组

library(pheatmap)

#读入数据

data<-read.table("HSP_protein.txt",row.names=1,header = TRUE) 

#读入——列分组信息

colgroup=read.table("group.txt",sep="\t",header=F,row.names=1,check.names=F,quote="")

#列分组命名

colnames(colgroup)=c("Group")

#定义颜色

color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(10)

#定义分组的颜色

ann_colors=list(Group=c(XJ="#EE7AE9",YN="#00447E",Cr="#F34800"))

#画热图

pheatmap(data, scale = "row", #对行归一化 

         show_rownames=T, #显示行名-基因名

         cluster_cols=F, #不对列进行聚类

         treeheight_row = 15, #调整纵向数的高度

         annotation_col=colgroup, #将列分组信息加入到列注释信息

         clustering_distance_rows = "correlation", #聚类线长度优化

         color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(10),

         annotation_colors=ann_colors, #给注释条块的颜色赋值

         cutree_rows=3, #按聚类树将所有行分为三组

         gaps_col=c(12,24), #在第12,14列分组

         cellheight=2,cellwidth=8, #每个各自的大小

         fontsize_col=6, #列名的字号

         fontsize_row = 2, #行名的字号

         fontsize_annotation=8,

         main = "HSPs", #命名主标题

         filename="heatmap_HSPs_new.png") #可保存为File type should be: pdf, png, bmp, jpg, tiff