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嵌合体的研究文章总结
肖斌 2016-1-19 10:21
CATCh, an ensemble classifier for chimera detection in 16S rRNA sequencing studies 2015 （ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25527546 ）
个人分类: 工具mothur|1995 次阅读|没有评论
禅道在Linux系统上的安装之路
肖斌 2016-1-5 18:04
在NGS数据分析、或者在IT开始时，开发的分析流程或者应用系统都或多或少存在bug，禅道就在于将bug的需求方和修改方进行综合的管理。 第一次听说这种项目管理的工具，IT开发同事反馈基本上都是在windows上安装，于是个人开始了在Linux系统上安装禅道的路程。 针对Linux系统上 ...
个人分类: 工具mothur|4025 次阅读|没有评论
mothur的make.contigs模块
肖斌 2015-4-21 14:11
make.contigs的功能在于将PE reads组装成tag 包含的参数有： file, ffastq, rfastq, ffasta, rfasta, fqfile, rqfile, findex, rindex, oligos, format, tdiffs, bdiffs, pdiffs, align, match, mismatch, gapopen, gapextend, insert, deltaq, allfiles and processors   ...
个人分类: 工具mothur|5379 次阅读|没有评论
mothur align.seqs中v3-4区域的位置界定
肖斌 2015-4-16 19:18
在利用mothur align.seqs模块将tags比对到sivla参考序列时，为了减少计算量，通常会对silva进行区域的筛选。 针对v4区域的参考位置是start=11894, end=25319 v3-5区域的参考位置是start＝6426，end=27654 v3-4区域的参考位置是start=6428, end=23444 材料参考源： http://www.mothur.org/forum/vi ...
个人分类: 工具mothur|4904 次阅读|没有评论
Mothur的安装
肖斌 2015-4-16 19:16
第一、下载安装包安装 1、针对Mac OSX环境，须有c++编译器 （1）安装包的下载 （2）解压： unzip mothur.zip （3）进入目录： cd mothur （4）编译： make ...
个人分类: 工具mothur|10944 次阅读|没有评论

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