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利用ggalluvial画了个菌丰度的冲击图: 肖斌 2019-6-12 18:13; 最近要展示多个时间点的微生物数据变化，参考ggalluvial的说明，用微生物的丰度数据做了展示，特此记录。参考： http://corybrunson.github.io/ggalluvial/index.html https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/79332269 输入数据格式：处理代码： ...; 个人分类: R语言画图|4907 次阅读|没有评论

ggbiplot安装过程中遇到的问题: 热度 1 肖斌 2019-5-14 08:50; 最近在R中安装ggbiplot，遇到如下状况，此文特此记录。安装命令根据 https://github.com/vqv/ggbiplot 提示， library(devtools) install_github(vqv/ggbiplot) 1）为此首先安装devtools包， install.packages(devtools) 提示报错信息： WARNING: Rtools is required to build R ...; 个人分类: R语言画图|15506 次阅读|3 个评论热度 1

Pheatmap画的热图: 肖斌 2019-1-14 22:12; 为了paper中展示相关结果，利用pheatmap完成了一张图。目的：1）展示两个组（AT与NT）样本的远近关系，2）展示两个组（AT和NT）的差异菌属，3）差异菌属进行门的标注。准备文件： 1）准备好genus profile，格式如下图： 2）组别信息与菌属和门的对应关系，格式如下图：画图的代码如下： ...; 个人分类: R语言画图|6006 次阅读|没有评论

多张图合并的策略: 肖斌 2018-11-13 09:39; 实际研究过程中，经常会有将多个图放于1个画布的需求，R中针对ggplot的图，有几个包可以实现此功能，分别是gridExtra，cowplot和ggpubr，如下是个人在学习过程中的笔记记录参考资料： http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/81-ggplot2-easy-way-to-mix-multiple-graphs-on-the-same ...; 个人分类: R语言画图|3063 次阅读|没有评论

基于ggplot2的散点图: 肖斌 2018-10-25 16:44; 参考资料： 1） https://ggplot2.tidyverse.org/reference/geom_point.html 2） http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-scatter-plots-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization 数据来源：用ggplot2自带的mtcars，格式如下：画图代码1: 画图代码2: 散点加颜色（渐变），散点 ...; 个人分类: R语言画图|5999 次阅读|没有评论

heatmap.2中距离计算方法的修改: 肖斌 2017-3-16 17:13; 对于heatmap.2计算样本间距离，构画聚类图，有较多的参考资料 1） https://www.rdocumentation.org/packages/gplots/versions/3.0.1/topics/heatmap.2 2） http://f.dataguru.cn/thread-116821-1-1.html 3） http://blog.sciencenet.cn/blog-1334016-809448.html 4） http://www.360doc.com/content/14/1103/10/175 ...; 个人分类: R语言画图|6993 次阅读|没有评论

ggplot2实现散点图上文字的添加: 肖斌 2017-1-12 10:50; 数据准备：实现代码： library(ggplot2) png(./pcr.png) data=read.table(pcr.csv,header=T) p-ggplot(data,aes(x=pca1,y=pca2,group=group))+scale_shape_manual(values=c(0,1,2,3,4,5,6,7,8)) + geom_point(size=6,aes(colour=group))+geom_text(label=paste(data$date),colour= ...; 个人分类: R语言画图|28795 次阅读|没有评论

ggplot2实现散点折线图: 肖斌 2017-1-5 08:51; 准备的数据：第一列是时间，第二列是样本，第三列是具体数值。横轴标为时间，纵坐标为具体数值，图中不同颜色展示不同样本。具体的代码： library(ggplot2) png(./xyz.png)（保存成png） ups-read.delim(xyz.csv)（读取数据） ups$date - factor(ups\$date,levels(ups$date) )（横坐标 ...; 个人分类: R语言画图|29439 次阅读|没有评论

热图画的方法: 肖斌 2016-2-25 15:25; matrix2png: http://www.chibi.ubc.ca/matrix2png/ Heal: http://hemi.biocuckoo.org heatmap: http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940101k9xd.html ggplot2: http://blog.sina.com.cn/s/blog_7948610e01014tag.html; 个人分类: R语言画图|3867 次阅读|没有评论

画曼哈顿图与QQ图: 肖斌 2016-2-25 11:39; 如何使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图： http://www.stbioinf.com/2016/02/02/How-to-create-manhattan-and-qq-plot-for-GWAS-study-in-Python.html R语言画曼哈顿图： http://blog.sina.com.cn/s/blog_403aa80a01017217.html; 个人分类: R语言画图|7480 次阅读|没有评论

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