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RGI在Linux安装过程中遇到的问题

已有 4472 次阅读 2019-9-27 17:50 |个人分类:Linux|系统分类:科研笔记|关键词:学者

RGI结合CARD数据库用于抗性基因的预测

在Linux环境中安装RGI,遇到一系列问题,特此记录:

1)利用conda进行RGI的安装,参考网页https://anaconda.org/bioconda/rgi

conda install -c bioconda rgi 

效果如下(未有报错信息):

1.png

利用rgi --help运行时,提示如下错误

Traceback (most recent call last):

  File "*/rgi", line 11, in <module>

    import package.rgi.rgi

  File "*/rgi.py", line 158

    print "DB exists"

                    ^

SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print("DB exists")?


2)怀疑是安装方式的问题,https://github.com/arpcard/rgi  下载rgi安装包

pip install .

运行后结果未提示错误,重新运行rgi --help

报错信息如下:

No module named 'pyfaidx'

pip install pyfaidx成功安装


3)再次运行rgi --help,报错信息如下

No module named 'ahocorasick'

尝试运行

pip install 'ahocorasick'

报错信息如下

No matching distribution found for ahocorasick

Google后查到ahocorasick已改名为pyahocorasick

pip install 'pyahocorasick'

报错信息如下

ERROR: Command errored out with exit status 1

Google查到前人经验如下https://github.com/conda/conda/issues/5714

运行

conda install -c https://conda.anaconda.org/conda-forge pyahocorasick


4)重新rgi --help,提示安装成功

2.png



https://m.sciencenet.cn/blog-306699-1199742.html

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