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Gut Microbiome中Metabolic Dependence Network的构建
肖斌 2020-3-24 10:36
文章: Metabolic Dependencies Underlie Interaction Patterns of Gut Microbiota During Enteropathogenesis 杂志:Froniters in Microbiology 年份:2019 研究目的:unsingmetabolic interaction network analysis to predict majority of the changes in terms of the changed directions in t ...
个人分类: 科研文章|1529 次阅读|没有评论
ggimage安装过程中Magick++的报错
肖斌 2020-2-4 10:06
在R3.6.1版本中,利用install.packages(ggimage)安装ggimage包,出现如下报错信息: PackageMagick++wasnotfoundinthepkg-configsearchpath. Perhapsyoushouldaddthedirectorycontaining`Magick+ ...
个人分类: 数据分析|4049 次阅读|没有评论
methylKit安装过程中的XML package报错
肖斌 2020-1-17 14:39
R 3.6.1 参考如下说明安装methylKit https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/methylKit.html 出现报错信息如下 ERROR:dependency‘XML’isnotavailableforpackage‘rtracklayer’ *removing‘/sas5/zuyuan/Bin/miniconda3/lib/R/ ...
个人分类: 科研文章|3201 次阅读|没有评论
DeepARG的short_reads_pipeline使用问题总结
肖斌 2019-12-19 13:18
近来想用DeepARG倒腾抗性基因的事,由于数据是测序的PE reads。不过安装的DeepARG版本提示输入文件为fasta格式或比对格式。 这两天看到其官网主页上提供了PE reads的网页版分析方案,在其代码放置主页上看到流程更新, https://bitbucket.org/gusphdproj/deeparg-ss/src/master/ 第一 ...
个人分类: 数据分析|3021 次阅读|没有评论
QIIME2 feature-classifier提示错误[Errno 28] No space left on
肖斌 2019-11-15 13:03
最近跑QIIME2时遇到报错信息提示: Plugin error from feature-classifier: No space left on device Debug info has been saved to /tmp/qiime2-q2cli-err-vg84f2kt.log log文件中也未明确标注具体问题,初始以为是tmp目录的空间不够 ...
个人分类: 菌群|4554 次阅读|没有评论
文章Sequencing-based methods and resources to study的阅读记录
肖斌 2019-10-17 09:02
题目: Sequencing-based methods and resources to study antimicrobial resistance 杂志:Nature Reviews 时间:2019 一) 文章目的 This Review provides a detailed overview of antimicrobial resistance identification and characterization methods, from traditional antimicrobial susceptibi ...
个人分类: 科研文章|2187 次阅读|没有评论
RGI在Linux安装过程中遇到的问题
肖斌 2019-9-27 17:50
RGI结合CARD数据库用于抗性基因的预测 在Linux环境中安装RGI,遇到一系列问题,特此记录: 1)利用conda进行RGI的安装,参考网页 https://anaconda.org/bioconda/rgi conda install -c bioconda rgi 效果如下(未有报错信息): 利用rgi --help运行时,提示如下错误 Traceback (most recent call la ...
个人分类: Linux|4465 次阅读|没有评论
Zoetro不关联word (mac)的问题解决
肖斌 2019-7-27 16:00
电脑(mac)上的office出现问题,于是进行了重装,重装后发现word不能关联Zotero,如此没法插入文献,显示如图所示,点击不出现任何东西,以前点击会有“Zotero”的提示: 1)想着是不是将Zotero重装下可以解决问题,于是卸载、重装,打开后依然没反应。 2)尝试在Zotero官网上查找解决 ...
个人分类: 数据分析|7442 次阅读|没有评论
vaginal microbiota在labor onset的变化
肖斌 2019-7-16 17:26
文章: Diversity of vaginal microbiota increases by the time of labor onset ( https://www.nature.com/articles/s41598-017-17972-0) 研究目的:对于分娩阶段的生殖道微生物未有确切研究 Vaginal microbiota is an important early source of bacterial colonization for newborns. However, only ...
个人分类: 科研文章|1682 次阅读|没有评论

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