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16s的建库策略文章总结
肖斌 2016-1-14 10:20
文章: Impact of library preparation protocols and template quantity on the metagenomic reconstruction of a mock microbial community 2015 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26496746 ) 文章: Phasing amplicon sequencing on Illumina Miseq for robust environmental ...
个人分类: 科研文章|3659 次阅读|没有评论
OTU的方法学研究文章总结
肖斌 2016-1-14 10:06
文章:De novo clustering methods outperform reference-based methods for assigning 16S rRNA gene sequences to operational taxonomic units 2015 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26664811 ) 文章: Comparing K-mer based methods for improved classification of 16S sequences 20 ...
个人分类: 科研文章|1965 次阅读|没有评论
awk一些操作的收集
肖斌 2016-1-14 09:19
输出文件第x到第y列,例如从第3列到最后一列: awk '{for(i=3;i=NF;i++) printf $iFS;print }' file,如果要以空格和tab键隔开,用printf \$it”即可。
个人分类: Linux|1977 次阅读|没有评论
python中pip在安装过程中遇到的问题
肖斌 2016-1-12 23:20
在安装pip的过程中,从 https://pypi.python.org/pypi/pip 下载 pip-7.1.2.tar.gz,解压后 python setup.py install进行安装,出现报错信息: /usr/local/lib/python2.7/distutils/dist.py:267: UserWarning: Unknown distribution option: 'entry_points' warnings.warn(msg) ...
个人分类: python|17188 次阅读|没有评论
机器学习的文章介绍
肖斌 2016-1-12 13:55
机器学习算法的介绍: http://www.cbdio.com/BigData/2016-01/12/content_4473046_all.htm 机器学习的API: http://www.360doc.com/content/16/0108/01/29483433_526293356.shtml
个人分类: 机器学习|1910 次阅读|没有评论
R语言中的哈希表
肖斌 2016-1-11 14:07
R语言中的哈希表介绍: http://www.mamicode.com/info-detail-1000666.html
个人分类: R语言|5322 次阅读|没有评论
R语言与机器学习
肖斌 2016-1-11 14:03
R语言的机器学习程序包介绍: http://www.douban.com/note/262946592/?type=like R与Gradient Boosting算法: http://www.aiweibang.com/yuedu/77517623.html R与支持向量机: http://www.36dsj.com/archives/39635
个人分类: R与机器学习|1929 次阅读|没有评论
R画图的一些代码实例
肖斌 2016-1-11 13:56
R语言画网络图: http://www.aiweibang.com/yuedu/55102976.html R语言画Polar图: http://oicweixin.com/detail/666376 一行R代码画图,主要介绍利用R的一些来进行可视化的操作: http://www.open-open.com/lib/view/open1448369109907.html
个人分类: R语言画图|4849 次阅读|没有评论
metagenome分析中涉及到的工具
热度 1 肖斌 2016-1-10 21:13
FastQC: Quality control tool for high-throughput sequence data using modular options and giving graphic results of quality per base sequence, GC content, Nnumbers, duplication, and over represent ( http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ ) Fastx-Toolkit: Command ...
个人分类: 科研文章|9887 次阅读|1 个评论 热度 1
python对于聚类算法的代码实现
肖斌 2016-1-7 20:18
K邻近算法: http://python.jobbole.com/83794/
个人分类: python|3325 次阅读|没有评论

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