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non-metric multidimensional scaling的解释: 肖斌 2017-10-24 18:46; 对于 non-metric multidimensional scaling（NMDS）的理解，看到一篇解释文章阐述的较为详细，特意转载如下 https://jonlefcheck.net/2012/10/24/nmds-tutorial-in-r/; 6189 次阅读|没有评论

基于DNA数据的血统计算: 肖斌 2017-10-19 16:40; 参考工具： 1）GEDmatch： https://www.gedmatch.com/login1.php ，可在线提交数据进行计算，目前支持多家商业公司产生的数据格式（美国的23andme、Ancestry，国内的wegene） 2）Do-It-Yourself Dodecad v 2.1： http://dodecad.blogspot.com/2011/09/do-it-yourself-dodecad-v-21.html 易操作的工具，在windows ...; 个人分类: 科研文章|2960 次阅读|没有评论

基于DNA数据预测人的血型: 肖斌 2017-10-19 16:05; 主要参考文章： BOOGIE: Predicting Blood Groups from High Throughput Sequencing Data （ http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0124579#pone.0124579.ref005 ）主要参考数据库： BGMUT: NCBI dbRBC database of allelic variations of genes encoding antigens of bloo ...; 个人分类: 科研文章|2398 次阅读|没有评论

16s sequencing中的Subsampled open-reference clustering策略: 肖斌 2017-9-19 17:30; 参考文章：Subsampled open-reference clustering creates consistent, comprehensive OTU definitions and scales to billions of sequences 发表时间：2014 发表杂志：PeerJ 16s rDNA sequencing得到的reads中，需要对组成好的tag进行聚类生成OTU，生成OTU的过程中存在1）de n ...; 个人分类: 数据分析|3484 次阅读|没有评论

16s的建库策略: 肖斌 2017-8-15 09:14; 16s建库过程中，由于序列彼此之间的相似度极高，会严重影响测序数据的质量，为了保证测序数据质量，会在库中加入较高比例的phix序列以增加文库中序列的复杂度，保证测序质量，但此策略会导致大量测序序列是phix序列，为此在测序量固定的情况下，为保证每个样品的数据量，每次测序可pooling的样本数会较少。 ...; 个人分类: 科研文章|8045 次阅读|没有评论

早产儿败血症肠道菌群的跟踪研究: 肖斌 2017-8-2 21:00; 文章： Longitudinal development of the gut microbiome and metabolome in preterm neonates with late onset sepsis and healthy controls 杂志：Microbiome 时间：2017 研究目的： We aimed to explore relationships between gut microbiome and metabolome to determine key insights into LOS d ...; 个人分类: 科研文章|2504 次阅读|没有评论

QIIME2在Linux环境下使用遇到的问题: 肖斌 2017-7-28 18:26; 按照 https://docs.qiime2.org/2017.7/tutorials/moving-pictures/ 的说明，在Linux环境下使用QIIME2，途中遇见各种问题的解决方案 1）qiime demux summarize --i-data demux.qza --o-visualization demux.qzv出现如下报错信息解决方案1： https://forum.qiime2.org/t/error-in-qiime- ...; 个人分类: 科研文章|11101 次阅读|没有评论

QIIME2在Linux环境下的安装: 肖斌 2017-7-21 15:54; 尝试在Linux环境下安装QIIME2，安装操作按照 https://docs.qiime2.org/2017.6/install/native/ 第一步：下载 Miniconda ，Linux下载到的文件是Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，直接sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh进行安装，成功后，试了一下直接运行Python，报错信息提示 AttributeEr ...; 个人分类: 科研文章|7562 次阅读|没有评论

早产儿NEC的肠道菌群特点: 肖斌 2017-7-11 21:25; 文章：16S rRNA gene-based analysis of fecal microbiota from preterm infants with and without necrotizing enterocolitis 杂志：The ISME Journal 时间：2009 研究目的：早产儿NEC与非NEC的肠道菌群特点与差异 For this study, we hypothesized that there are differences inmolecular microbial profiles of ...; 个人分类: 科研文章|3568 次阅读|没有评论

Enterotypes肠型有关文章: 肖斌 2017-7-10 16:11; 按照时间顺序，对肠型有关文章进行简单梳理第一篇： Enterotypes of the human gut microbiome 杂志：nature 时间：2011 此文是第一提出肠型（enterotypes）此概念的文章，文中对于肠型的主要内容在于：1）在不同的肠道样本中，均可以明显的类别存在；2） 3类肠 ...; 个人分类: 科研文章|7623 次阅读|没有评论

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