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TCGA

已有 6747 次阅读 2017-5-10 11:36 |个人分类:杂七杂八|系统分类:科研笔记|关键词:学者

基因与疾病的生存率分析是常见的疾病预后分析之一,生存率分析需要大量的临床样本和临床数据,某些科研工作者可能束手无策!然而在TCGA、GEO、EBI等公共数据库内有大量的样本信息没有得到充分的利用。

一、生存率分析的意义

1.验证基因(或miRNA、lncRNA)的表达高低与疾病生存时间的关系,确定该基因(或miRNA、lncRNA)在疾病的预后中是否起到关键作用。

2.可用于基因表达验证、基因敲出实验、药物处理研究等各种临床分析

二、样本数据来源:

所有样本数据都来源于世界权威数据库,例如TCGA数据库的34种常见癌症以及超过10000个人类临床样本数据;例如NCBI GEO数据库的2000个实验组以及总数超过30000个人类临床样本数据。其他还有ICGC、EBI等数据库。

三、分析报告样例展示

肾上腺皮质癌预后风险microRNA筛选及功能分析

具体分析流程:

获得TCGA的肾上腺皮质癌microRNA表达谱数据,标准化

获得TCGA的肾上腺皮质癌的临床数据并进行整理

基于microRNA的表达值对病例分组后,利用KM曲线获得对生存预后有显著影响的microRNA

构建COX比例回归模型评估,不同microRNA表达值及临床因素筛选对预后的显著影响因素

对关键microRNA预测调控的靶基因及功能分析

构建microRNA共调控靶基因网络并对共调控靶基因进行功能分析




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