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Cell:人体肠道菌群的长期遗传稳定性和个体特异性
刘永鑫 2021-4-9 23:37
Cell:人体肠道菌群的长期遗传稳定性和个体特异性 本文由小贤哥(胡世贤)编译 The long-term genetic stability and individual specificity of the human gut microbiome Cell DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.024 发表日期:2021-4-9 第一作者:Lianmin Chen(陈连民) 1,2 通讯作者 ...
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FEMS:广东生态所孙蔚旻组利用DNA-SIP宏基因组揭示锑氧化微生物及其代谢途径
刘永鑫 2021-4-7 12:17
广东省科学院生态环境与土壤研究所孙蔚旻团队FEMS Microbiology Ecology发表:利用稳定同位素示踪-宏基因组测序直接联用技术揭示锑污染土壤中的好氧锑氧化微生物及其代谢途径 DNA-SIP结合宏基因组学揭示了锑污染土壤中的锑氧化细菌 Bacteria responsible for antimonite oxidation in antimony-contaminated soil r ...
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FPS综述:植物次生代谢物与微生物组互作研究进展
刘永鑫 2021-3-22 19:10
植物次生代谢物与微生物组互作研究进展综述 Linking Plant Secondary Metabolites and Plant Microbiomes: A Review Frontiers in Plant Science 原文链接: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2021.621276/full DOI: https://doi.org/10.3389/fpls.2021.621276 发表日期:2021-03-02 ...
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TaxonKit:小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具
刘永鑫 2021-2-7 23:00
TaxonKit: 小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具集 宏基因组按:NCBI物种分类注释信息格式复杂,存在层级不整齐、缺失、名称变动等问题,在使用中存在一定困难。最近发现了一款分类信息查询和格式化的工具TaxonKit,该工具于2019年发布于Biorxiv上,目前已经被引用19次(Google学术,截止2020年2月7日)。推荐给大 ...
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ISME:多组学揭示低氧环境下的汞甲基化细菌
刘永鑫 2021-2-7 19:34
代谢多样的世界性海洋细菌对汞的甲基化作用 Mercury methylation by metabolically versatile and cosmopolitan marine bacteria The ISME Journal DOI: https://doi.org/10.1038/s41396-020-00889-4 原文链接: https://www.nature.com/articles/s41396-020-00889-4 发表日期:2021-01-27 第一作者:H ...
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QIIME 2教程. 32如何写方法和引用Citing(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:26
引用QIIME 2 Citing QIIME 2 https://docs.qiime2.org/2020.11/citation/ 请注意,几乎所有QIIME 2插件都实现独立于QIIME 2框架开发的方法,除QIIME 2框架本身外,还应引用这些方法。 可以如下所述提取该信息。 如果您在研究中使用QIIME 2,请引用 Nature Biotechnology 的正式发表文章: Bolyen E, Rideout JR ...
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QIIME 2教程. 31名词Glossary(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:23
名词解释 User Glossary https://docs.qiime2.org/2020.11/glossary/ 译者注:以下是QIIME 2中经常会用到的术语,由于有些术语无法准确翻译为中文,有的即使翻译成了中文,意思也会和原意有偏差,所以鼓励大家使用英文原文。 动作(Action) 这是对方法(method)、可视化工具(visualizer)或流程(pipeline)的统称 ...
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QIIME 2教程. 30补充资源SupplementaryResources(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:19
补充资源 Supplementary resources https://docs.qiime2.org/2020.11/supplementary-resources/ 教学内容 Educational content 以下资源对于了解有关微生物组分析和生物信息学的更多信息很有用: 应用生物信息学导论 An Introduction to Applied Bioinformatics http://readiab.org/ 这是一套基于Python的生 ...
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QIIME 2教程. 29参考数据库DataResources(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:16
数据资源 Data resources https://docs.qiime2.org/2020.11/data-resources/ q2-feature-classifie使用的分类学分类器 Taxonomy classifiers for use with q2-feature-classifier 严重警告: 可与 q2-feature-classifier 一起使用的预训练分类器目前存在安全风险。 如果使用预先训练的分类器(例如此处提供的分类器 ...
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QIIME 2教程. 28社区Community(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:11
社区 Community https://docs.qiime2.org/2020.11/community/ 与QIIME 2社区保持联系并保持最新状态的方法有多种。 论坛 QIIME 2 Forum 访问QIIME 2论坛( https://forum.qiime2.org/ )以获得QIIME 2支持,并与其他用户和开发人员讨论与QIIME 2相关的所有事情。 详者注:论坛有非常多的版块,可以帮助我们解 ...
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