QIIME 2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.11)

刘永鑫 2020-12-28 20:20

老司机上路指南 QIIME 2 for Experienced Microbiome Researchers https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/ 正文共：7000 字 0 图 1 视频 预计阅读时间： 17 分钟，视频时长 14 分钟 更新时间：2020年12月13日 本节我们将介绍如何使用QIIME 2处理微生物数据 ...

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QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2020.11)

刘永鑫 2020-12-28 20:18

写在前面 QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，10年来引用20000+次， 2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件——里程碑16：生物信息学工具助力菌群测序数据分 。为满足当前大数据、可重复分析的需求，北亚利桑那大学Gregory Caporaso教授于2016年起从头开发了QIIME 2，并获得了来自全世界79家 ...

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宏基因组数据分析的机遇与挑战—刘永鑫(北京，2020年10月27日）

热度 1 刘永鑫 2020-12-9 00:10

各位老师、同学好！感谢中国农业大学张福锁院士、彭静静老师的邀请、宋春旭老师的主持，参加中国农业大学国家农业绿色发展研究院，微生物专题报告（十五）。我叫刘永鑫，来自中科院，宏基因组公众号创始人，本次报告的题目是宏基因组数据分析的机遇与挑战。 报告PPT+视频下载，宏基因组公众号后台回复“ 北京2020 ”获取 ...

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NBT：5万个基因组和1.2万个新种的地球微生物基因组集

刘永鑫 2020-12-6 21:25

地球微生物组的基因组集 A genomic catalog of Earth’s microbiomes Nature Biotechnology 2020-11-09 Resource DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-020-0718-6 PDF： https://www.nature.com/articles/s41587-020-0718-6.pdf 第一作者：Stephen Nayfach 1 通讯作者：Emiley A. Eloe-Fadros ...

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Gastroenterology：住院期间COVID-19患者肠道菌群的变化

刘永鑫 2020-11-27 16:32

住院期间COVID-19患者肠道菌群的变化 Alterations in Gut Microbiota of Patients With COVID-19 During Time of Hospitalization Gastroenterology September 2020, Pages 944-955.e8，Original Research DOI: https://doi.org/10.1053/j.gastro.2020.05.048 第一作者：Tao Zuo 1,2,3,∗ , Fen Zha ...

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mSystems：华南农大揭示水稻SST基因调控根际微生物协同耐盐机制

刘永鑫 2020-11-25 23:52

水稻SST基因通过土壤代谢物调控根际微生物协同耐盐机制 Rice SST variation shapes the rhizosphere bacterial community, conferring tolerance to salt stress through regulating soil metabolites mSystems 【 Impact Factor 6.519 】 DOI： https://doi.org/10.1128/mSystems.00721-20 文章链接： https ...

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Nature子刊：细菌和古菌从域到种的完整分类

热度 1 刘永鑫 2020-10-15 20:05

细菌和古菌从域到种的完整分类 A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea Nature biotechnology DOI： https://doi.org/10.1038/s41587-020-0501-8 发表日期：2020-05-04 第一作者：Donovan H. Parks 1 通讯作者：Donovan H. Parks (donovan.parks@gmail.com) 1 合作作者： M ...

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Nature：Jeff Dangl团队揭示贪噬菌属在微生物组中维持根的生长

刘永鑫 2020-10-8 10:15

单一细菌属在一个复杂的微生物组中维持根的生长 A single bacterial genus maintains root growth in a complex microbiome Nature DOI： https://doi.org/10.1038/s41586-020-2778-7 发表日期：2020-09-30 第一作者：Omri M. Finkel 1,2,9,12 , Isai Salas-González 1,2,3,12 , Gabriel Castrillo 1,2,1 ...

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