科学网

 找回密码
  注册
GTDB:基因组分类数据库和物种注释和进化树构建工具GTDB-tk
刘永鑫 2020-9-29 21:03
简介 基因组分类数据库:GENOME TAXONOMY DATABASE 网址: https://gtdb.ecogenomic.org/ 该数据库已经于2018/2020连续发表两篇Nature Biotechnology,软件于2019发表于Bioinformatcs,即可为细菌分类提供参考数据库,同时提供了物种分类、进化树构建的全套工具,绝对是服务到家的好工具。 该数据库发布 ...
个人分类: 软件|11155 次阅读|没有评论
Microbiome:地球上有多大比例的原核生物已经被测序了基因组?
刘永鑫 2020-9-18 14:51
Microbiome:地球上有多大比例的原核生物已经被测序了基因组? Estimate of the sequenced proportion of the global prokaryotic genome Article,2020-09-16 Microbiome, DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-020-00903-z 视频摘要: https://watch.wibbitz.com/preview/?id=b5cf250363a52433baa5e878 ...
个人分类: 作者解读|3431 次阅读|没有评论
OPERA-MS:宏基因组二、三代测序混合组装
刘永鑫 2020-9-17 19:02
之前详细介绍了宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS的Nature Biotechnology文章。详见下文: NBT:宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS 今天带来软件的使用经验,主要参考如下官方文档: https://github.com/CSB5/OPERA-MS 同时使用自己的数据进行经验分享。 简介 OPERA-MS是一种混合式宏基因组组装软 ...
个人分类: 三代测序|4018 次阅读|没有评论
NanoPlot:三代纳米孔测序数据质量评估
刘永鑫 2020-9-16 17:54
简介 二代测序最常用的质量评估软件是FastQC,多样本时可进一步结合MultiQC。此外速度超快的fastp也特别推荐,而且包括质量评估、质量控制等功能,可以说是国产软件之光,详见下方详细教程: 数据的质量控制软件——FastQC 整合QC质控结果的利器——MultiQC 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp 三代纳 ...
个人分类: 三代测序|6045 次阅读|没有评论
Nature综述:肠道微生物在人类代谢健康与疾病中的作用
刘永鑫 2020-9-14 22:20
肠道微生物在人类代谢健康与疾病中的作用 Gut microbiota in human metabolic health and disease Nature Reviews Microbiology DOI : https://doi.org/10.1038/s41579-020-0433-9 发表日期 :2020-09-04 作者单位 :Novo Nordisk基础代谢研究中心,哥本哈根大学,丹麦哥本哈根(Novo Nordisk Center ...
个人分类: 作者解读|17447 次阅读|没有评论
Cell综述:口腔微生物群的部位特点:微米级生境与生态位
刘永鑫 2020-9-12 09:54
口腔微生物群的部位特点:微米级生境与生态位 Oral Microbiome Geography: Micron-Scale Habitat and Niche Cell Host Microbe 发表日期 :2020-08-12 DOI : https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.07.009 第一作者 :Jessica L. Mark Welch 1 通讯作者 :Jessica L. Mark Welch (jmarkwelch@mbl ...
个人分类: 读文献|4111 次阅读|没有评论
drep:微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战
刘永鑫 2020-9-10 17:58
在微生物分离培养、分箱中获得的大量的基因组、宏基因组拼接的基因组(MAG),如何确定到底有多少种非冗余的细菌基因组呢? 来自加州大学伯克利分校Jillian F Banfield组开发的dRep可以帮助我们实现此分析。 摘要 每年测序的微生物基因组的数量正在迅速增加,部分原因是通过宏基因组学研究可以获得数百个质量合格的基 ...
个人分类: 软件|6597 次阅读|没有评论
Microbiome:Kraken2进行16S物种注释又快又准,秒杀QIIME2
刘永鑫 2020-9-6 21:17
使用Kraken 2进行超快速、准确的16S rRNA微生物群落分析 Ultrafast and accurate 16S rRNA microbial community analysis using Kraken 2 Microbiome DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-020-00900-2 发表日期:2020-08-28 第一作者:Jennifer Lu 1 通讯作者:Jennifer Lu (jennifer.lu717@gmail.com ...
个人分类: 读文献|3960 次阅读|没有评论
Microbiome:山大杜宗军团队揭示捕食性细菌新类群-慢生单胞菌目细菌独特的生境适应性
刘永鑫 2020-9-4 10:52
捕食性细菌新类群——慢生单胞菌目细菌独特的生境适应性分析 Bradymonabacteria, a novel bacterial predator with versatile survival strategies in saline environments 第一作者:穆大帅 通讯作者:杜宗军 通讯单位:山东大学 合作者:美国俄克拉荷马大学 - 周集中团队;清华大学 杨云锋教授 DOI: https ...
个人分类: 作者解读|3621 次阅读|没有评论

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-3-29 19:31

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部