关于植物和共生微生物，这116张PPT讲明白了（值得收藏！）

刘永鑫 2021-6-15 21:17

这个PPT描述了两种非常亲密的共生关系：一种是在细菌（根瘤菌或Frankia）与其寄主植物之间发生的，导致固氮根瘤的产生。另一个是两种不同类型的菌根真菌与其寄主植物之间的相互作用，导致营养吸收增加。这些互惠共生体的成功形成是一个复杂的过程，需要信号传导和识别，形态和生理反应以及植物和共生微生物的生化作用。这 ...

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NBT：牛瘤胃微生物组的4941个宏基因组组装基因组(MAG)

刘永鑫 2021-6-13 12:08

牛瘤胃微生物组的参考基因组集 用于瘤胃微生物组生物学和酶发现的4,941个瘤胃宏基因组组装基因组集 Compendium of 4,941 rumen metagenome-assembled genomes for rumen microbiome biology and enzyme discovery Nature Biotechnology 2019-08-02 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-01 ...

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NBT：人类肠道培养细菌的1520个基因组

刘永鑫 2021-6-12 10:25

人类肠道培养细菌培养组的参考基因组集 人类肠道培养细菌的1520个基因组扩展微生物组功能分析 1,520 reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses Nature Biotechnology 2019-04-04 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-018-0008-8 全 ...

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Nature 子刊：三代测序的DNA提取和宏基因组学分析

刘永鑫 2021-5-15 11:57

改进的人类肠道微生物组的高分子量DNA提取，纳米孔测序和宏基因组学装配 Improved high-molecular-weight DNA extraction, nanopore sequencing and metagenomic assembly from the human gut microbiome Nature Protocols DOI： https://doi.org/10.1038/s41596-020-00424-x 发表日期：2020-12-04 第一作 ...

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Nature子刊：英属哥伦比亚大学揭示植物塑造根际微生物组新机制

刘永鑫 2021-5-10 19:22

FERONIA通过调节活性氧来限制根际微生物组中的假单胞菌 FERONIA restricts Pseudomonas in the rhizosphere microbiome via regulation of reactive oxygen species Nature plants DOI： https://doi.org/10.1038/s41477-021-00914-0 发表日期：2021-05-10 第一作者：Yi Song(宋毅) 1,2 通讯作者：Car ...

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Microbiome：animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包

刘永鑫 2021-4-28 22:23

animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包 animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in R Microbiome DOI： https://doi.org/10.1186/s40168-021-01013-0 发表日期：2021-03-28 第一作者：Yue Zhao 1,2 ,Anthony Federico 1,2 通讯作者：W. Evan Johnson (wej@bu.edu) 1,2 ...

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csvtk：表格处理神器-美化、统计、头表、合并、转置、筛选、取样、去冗余 、分列、分类汇总和简单绘图

刘永鑫 2021-4-21 22:30

写在前面 CSV/TSV作为数据科学和组学分析的基本格式，其实本质上均为txt格式的表格，CSV是按逗号分隔，TSV是以制表符分隔的表格。这两种格式数据格式应用非常广泛。比较常用的处理软件包括： Excel为代表的电子表格软件 Notepad++/Edit-plus等文本编辑器 sed/awk/cut等Shell命令 各种编程语言，例如 R、python等。 ...

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微生物组-扩增子16S分析第12期(报名直播课免费参加线下2021.7)

刘永鑫 2021-4-13 18:40

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在 2021年7月23-25日北京 推出《 扩增子16S分析 》专题培训第10期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+集中讲解答疑+上课视频回 ...

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